Staphylococcus caprae treatment

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L’évolution microbienne Epidémiologie de la fibrose kystique

abstrait

Résumé: L’infection des Voies respiratoires Reste la principale cause de morbidité de mortalité Et De Chez les personnes Atteintes de fibrose kystique (FK). This revue decrit les Principales Caractéristiques des épidémiologies des Espèces microbiennes Qui sont impliqués Dans l’infection des Voies respiratoires chez CF. Le spectre d’un croissant Apparemment Espèces causant l’infection Dans les FC et l’évolution récente des incidences et des prévalences de l’infection due à des bactéries Spécifiques, et fongiques Virales Espèces are décrites. Les Defis inhérents au Suivi et à l’interprétation des Taux d’infection Dans population this de patients Sont discutés.

INTRODUCTION

Sur Estime qu’environ 30 000 personnes aux Etats-Unis, et Un Egal Nombre d’Ailleurs, la fibrose kystique en Ontario (FK), Ce Qui Rend trouble génétique le plus de fréquent chez les Caucasiens létale. CF is causée nominale des mutations in the protéine régulateur de la conductance transmembranaire CF (CFTR), Qui normalement Fonctionne versez reguler le flux d’ions Essentielle transépithélial au Maintien de la composition ionique appropriate et le volume de liquide du de Surface des Voies respiratoires (105 ). Pour des RAISONS Qui sont incomplètement compris, liquide de la surface de les altérations des Voies Résultante de CFTR dysfonctionnelle OÜ patients atteints absents rendent de Mucoviscidose Sensibles aux infections bronchiques chroniques. La response inflammatoire neutrophile Associée conduit à une et pulmonaire maladie progressive, FINALEMENT, l’échec pulmonaire, la principale cause de de Décès Dans CF. En Dépit des Progrès impressionnants Dans l’espérance de vie Dans les FC au cours des 3 dernières Décennies, la médiane a Prédit la survie d’environ is 37 ans (72).

Il y a la perception juin Que l’Épidémiologie de L’infection des Voies respiratoires Chez les personnes Atteintes de FK un changement au cours des dernieres Années. Les Données DISPONIBLES semblent confirmateur this perception, et il y a Drogues illicites Raisons possibles verser les tentatives de viol Changements OBSERVE DANS LES Taux d’infection due à des Espèces microbiennes Spécifiques et l’émergence d’apparente Espèces supplementaires Qui, auparavant, ne l’Ont pas Été Ë CF. associés Cependant, il y a also PLUSIEURS Mises en garde les Interprétations Sie confondent de observations de CES.

This examen fournira UNE Mise à jour des Principales Caractéristiques de L’Épidémiologie des Espèces bactériennes opportunistes Spécifiques Sie infectent les Voies respiratoires des personnes Atteintes de FK, soulignant Récents Changements apparents Dans this epidemiology. Mises à jour sur l’épidémiologie des Espèces fongiques et Virales Selectionnez will be also Fournis. Les factors Qui remettent en question notre capacity à interprète, plus précisement les Données ACTUELLEMENT DISPONIBLES versez le CF Suivi épidémiologie microbienne will be décrits. Avis sur la pathogenèse, la microbiologie, le treatment et les resultats cliniques de l’infection des Voies respiratoires DANS LES FC, AINSI Que le Contrôle des infections DANS LES FC, PEUVENT Être trouvées ailleurs (76. 105. 174. 180. 187. 264. 266. 283. 190. 297).

bactéries

Les Espèces bactériennes Les plus fréquemment associés une infection juin des Voies respiratoires chez CF comprennent des agents Pathogènes Humains Courants tells Que Staphylococcus aureus et Haemophilus influenzae AINSI Qué PLUSIEURS agents Pathogènes opportunistes, ne faites pas le plus de is importante Pseudomonas aeruginosa. D’Autres Pathogènes nosocomiaux opportunistes comprennent tells Que Stenotrophomonas maltophilia et Achromobacter xylosoxidans et les Espèces Qui ne Sont Parfois Associées à des infections humaines en dehors des FC, tells that the Burkholderia cepacia complexe, Burkholderia gladioli. Ralstonia species, Cupriavidus Espèces et Pandoraea species. Bien Que de CERTAINES CES Espèces were Associées à des mediocres Résultats Dans les FC, le rôle Que d’Autres Espèces PEUVENT jouer à la verser contribuer progression de la maladie Reste incertaine. Les sections Suivantes mettront en Évidence des caracteristiques Importantes De L’Épidémiologie de Espèces CES DANS CF.

Pseudomonas aeruginosa

Incidence et prévalence.

P. aeruginosa Est des Espèces bactériennes Les plus courantes impliquées Dans l’infection des Voies respiratoires chez CF. Aux Etats-Unis, 52,5&# X00025; des patients Inclus dans la fibrose kystique Foundation (CFF) Registre des patients were Déclare Avoir eu P. aeruginosa Récupère à partir D’Echantillons de culture des expectorations en 2008 (72). La Prévalence de l’infection variait considérablement according to âge, Allant d’environ 25&# X00025; Pour les enfants de 5 ans et moins de 80&# X00025; versez les adultes de 25 à 34 ans (72). Toutefois, il Semble Que la Prévalence de P. aeruginosa infection DANS LES FC can be diminué. Dans Une analyse récente des Données du registre des patients CFF, Razvi et ses Collègues (249) Ont Rapporté Que la Prévalence de la P. aeruginosa infection Chez les patients atteints de mucoviscidose a diminué de américaines: 60,4&# X00025; en 1995 à 56,1&# X00025; en 2005. L’incidence globale pas de l’infection de cours au changement N’a of this intervalle; Toutefois, l’augmentation significative de l’incidence de P. aeruginosa infection were OBSERVE verser les Nourrissons 1 année d’âge et plus jeunes et versez les enfants de 2 à 5 ans. En revanche, l’analyse juin RECENTE pas de N’a MONTRE diminution significative juin de la Prévalence de la P. aeruginosa infection chez les patients atteints de mucoviscidose adultes Recevant des soins à l’hôpital royal Brompton, Londres, Royaume-Uni, Entre 1985 et 2005 (203).

L’effet délétère Que chronique P. aeruginosa l’infection a sur la fonction pulmonaire Dans la mucoviscidose was bien decrit (131. 155. 165. 175. 230). Initialement, L’infection peut etre Intermittente ET impliquent de multiples Souches. FINALEMENT, Une Seule souche Domine et établit une infection chronique juin, Qui est le plus gentiment Marqué par non changement de la souche infectante à non mucoïde phénotypique (117). L’élimination de l’infection pulmonaire point this is après généralement pas possible.

Souches épidémiques.

Several études Ont démontré Qué les personnes Atteintes de FK Qui sont infectés par P. aeruginosa portuaires SOUCHES typiquement distinctes, Probablement acquises in the milieu naturel (188. 260. 277). Bien transmission that the de Souches Entre frères et soeurs was bien Documente (120. 311. 352), le risk de patients à patients propagation de P. aeruginosa Avait Été Considéré Comme Faible. Cependant, en 1996, l’analyse de génotypage des isolats récupérés LORs d’ONU un essai antibiotique Identifié non &# X003b2; Souche lactame résistant infectant 55 enfants qui se recoivent des soins Dans un Liverpool, Royaume-Uni, centre de treatment (45). ACDE a Suivi par ETE des Rapports décrivant les Autres ous Partages &# X0201c; Épidémie&# X0201d; P. aeruginosa Souches Dans les centres de soins des FC au Royaume-Uni et de l’Australie (7. 10. 147. 224). En 2004, Scott et Pitt (277) Ont Rapporté les Résultats d’analyse de génotypage juin de 1225 P. aeruginosa Provenant des isolats patients des FC Qui recoivent des soins Dans 31 centres de treatment au Royaume-Uni et un 28 Que démontré&# X00025; des patients infectés hébergeaient juin Souche Sie was shared with a patient Autre. Several petits Groupes de patients Avec Des Souches communes were were identifiées ET TOUS les trouvés la DANS centres, maîs trois. Les deux Souches Les plus répandues representent à Eux, plus de 20 Seuls&# X00025; du patient, isolats EXAMINE. Souches, y compris CERTAINES les 1 Souches de Liverpool et épidémiques Midlands, were élargisse- Distribués, Identifie Dans 48&# X00025; et 29&# X00025; des Centres de Traitement des FC, respectively.

L’incidence of this Épidémie P. aeruginosa Souches have sur les Résultats Cliniques were débattues. La Plupart des Souches multirésistant are, et CERTAINS were associés à juin augmentation de la morbidité chez les patients infectés (5. 10. 146. 221). La surinfection des patients atteints de mucoviscidose déjà chroniquement infectés par le P. aeruginosa et la transmission d’ONU CF patients infecté aux Membres de la famille non-CF were signalés verser la souche épidémique Liverpool (199. 200); Cependant, le ne sait pas si tout Épidémie P. aeruginosa Souches Ont des Capacités comparables Pour la propagation.

transmission Acquisition et.

La base de et épidémiologique microbiologique versez l’Épidémie P. aeruginosa Souches Reste mal comprennent. La découverte de several, de petits Relativement Groupes de patients Dans le centre de same treatment Qui sont infectés par Une souche commune (224. 277. 287) suggested de transmission interindividuelle, Pouvant résulter de L’INSUFFISANCE des Mesures de Contrôle des infections. Acquisition d’source de juin nosocomiale commune is also juin de possibility; cependant, Surveillances des Environnements de patients hospitalisés à l’hôpital et les consultations Externes Ont généralement pas Révélé non réservoir verser les Souches Partagées (45. 147). Souches Sie Distribués are, plus de élargisse- (à savoir trouvés Dans les centres de Soins multiples) suggèrent le contact avec l’infection Entre et croisée Entre les patients Recevant des soins Dans différents centres OÜ acquisition juin indépendante D’une souche Qui est particuliérement Fréquente in the milieu naturel. Romling et ses Collègues have decrit juin P. aeruginosa Souche (designated clone C) Qui was Récupère à partir de patients atteints de mucoviscidose infectés, AINSI Que Dans des Échantillons Environnementaux Dans géographiquement Diverses régions d’Allemagne (261). This same Souche une salle was Identifié Dans les cultures de patients atteints de mucoviscidose Dans Diverses régions du Royaume-Uni (277), Ce Qui suggested Qu’il est élargisse- Distribué in the milieu naturel. D’Autres Souches épidémiques ne pas are Identifie Dans des Échantillons Environnementaux, same si les enquêtes de génotypage d’Un grand Nombre de Souches Récupérées à partir de l’environnement font défaut. En tout état de cause la découverte Que Souches CERTAINES Partagées par are de patients atteints de Nombreux mucoviscidose suggested Que CERTAINES Souches particuliérement are APTES à l’infection humaine.

Les Souches Qui sont Communs à Un grand Nombre de malades atteints de mucoviscidose Ont pas Été décrites en Amérique du Nord. Speert et ses Collègues have ANALYSER les isolats récupérés Entre 1981 et 1999, 174 patients des FC à Vancouver, Colombie-Britannique, et A TROUVÉ 157 Souches distinctes, ne pas 123 uniques ETAIENT un patient each (287). Several Souches distinctes were Partagées par des Groupes de deux, trois patients OÜ Quatre. Bien Que Deux Souches were Partagées par non plus les grands Nombre de patients (21 patients ET 18 patients), des Enquêtes épidémiologiques Ont TROUVE Peu de Preuves Pour le contact direct Entre les patients Dans les Deux cluster. La présence de l’Épidémie P. aeruginosa Souches aux États-Unis en l’Reste incertain absence d’études de génotypage d’isolats Provenant de grands nombres de patients atteints de mucoviscidose. A noter, la Plupart des Souches épidémiques en Europe, et en Australie décrites have non multirésistante phénotype, Ce Qui Rend their présence chez les patients Ayant peu d’exposition Relativement aux Antibiotiques l’objet d’APPROFONDIE juin Enquête en plus. La présence de la DANS population juin de patients de Souches épidémiques Qui ne possèdent pas non phénotype inhabituel ous notable could be ne pas Être si Facilement Détecte. La surveillance actif de grande suffisamment Nombre de patients isolats is Nécessaire versez exclure la présence et la propagation continue Souches de Partagées. Malheureusement, la surveillance de juin Telle is pas Toujours juin composante des soins de CF routine.

Burkholderia espèce

When le genre Burkholderia was Nommé en 1992, Il était composé de septembre Espèces Qui ÉTAIENT auparavant classés Dans ARNr groupe d’homologie II du genre Pseudomonas (357). CÉS INCLUSES Espèces B. cepacia. B. glaïeuls. Burkholderia pickettii. Burkholderia mallei. Burkholderia pseudomallei. Burkholderia caryophylli. et Burkholderia solanacearum. DEPUIS LORs, d’Autres études taxonomiques identifiées Nombreuses supplementaires Burkholderia species. Le genre se composer ACTUELLEMENT de plus de un 60 Espèces, ne pas la Plupart se trouvent Dans l’environnement naturel et ne pas are Pathogènes Pour l’homme en bonne santé (voir http://www.bacterio.cict.fr/ POUR UNE liste Actualisée des espèces). Several Espèces, cependant, de provoquer Sont capables des infections des Voies respiratoires chroniques et chez les tombes Souvent personnes Atteintes de mucoviscidose La Plupart de bureaux à l’Espèces are intérieur de la B. cepacia complexe, non groupe ACTUELLEMENT composé de les de 17 apparentées de Espèces. Une exception Importante is B. glaïeuls. Qui, bien qua non membre du B. cepacia complexe, Représente Aujourd’hui juin partie de Importante Burkholderia infection Dans CF. PARMI les Restants Burkholderia Espèces, SEULES Burkholderia fungorum et B. pseudomallei were Identifie Comme provoquant UNE infection des patients atteints de mucoviscidose (58). This is the Dernière espèce, plus Souvent impliqué des personnes Qui Ont voyage dans des régions d’endémicité (70. 73. 223. 276. 337) et is notables énumérés Comme de ETANT, AINSI Que B. mallei. Comme un &# X0201c, un agent de sélection&# X0201d; par le Département américain de la Santé et des Services sociaux et le ministère de l’Agriculture (http://www.selectagents.gov) en raison de l’utilisation des fils de l’agent Comme potentielle bioterrorisme.

B. cepacia complexe B. glaïeuls. (I) la taxonomie et de la nomenclature.

Pseudomonas cepacia un d’Abord was decrit Comme being ONU l’agent pathogène d’oignons (34) et pendentif de Nombreuses Annees a eté Identifié Qué en sporadiquement Association AVEC des infections, involving Humaines généralement les patients débilités Souffrant de maladies sous-jacentes. Les premiers ministres Rapports de B. cepacia l’infection chez les patients atteints de mucoviscidose is Apparu à la fin des annees 1970 et au débuts des Années 1980 (26. 112. 171. 222. 263). En 1984, Isles et ses Collègues (140) have Documente la Prévalence croissante de B. cepacia L’infection Chez les patients Recevant des Soins Dans le centre non de Toronto FC et decrit l’apparition D’une détérioration rapide de la fonction respiratoire par characterized progressive la pneumonie nécrosante, bactériémie, et la septicémie. Ce &# X0201c, le syndrome le cepacia&# X0201d; was OBSERVEE verser Autant- Que 20&# X00025; des patients infectés. Des augmentations similaires Dans les incidences de B. cepacia l’infection par were note la suite Dans d’Autres centres de treatment des FC en Amérique du Nord (302. 303. 308).

Au milieu des annees 1990, Vandamme et ses Collègues (322) Ontario Effectué des études taxonomiques complets versez Que les démontrer bactéries identifiées Comme being B. cepacia Souches Composées de several Effectivement Espèces distinctes. were trouvés CÉS closely Liées Espèces inhabituellement, formants groupe non phylogénétique distinct au sein du genre. Par convention taxonomique de CES Espèces were désignées COMME &# X0201c; génomovars&# X0201d; Jusqu’a Distinguer les characteristics phénotypiques were identifiées, Qui a ensuite permis à each nouvelle espèce de receive juin designation binomiale formelle. À l’heure actuelle, il y a 17 Espèces DANS CE Qui est collectivement Dénommé B. cepacia complexe (Tableau &# X200B; (Tableau 1). 1 ). B. glaïeuls. bien Que phénotypiquement Assez Semblable à bureaux Espèces phylogénétiquement is pas non membre de la B. cepacia complexe (349).

le Burkholderia cepacia complexe

(Ii) l’incidence et de la prévalence.

La Prévalence de la B. cepacia infection Complexe Chez les patients des FC aux Etats-Unis a Entre de 3 varié&# X00025; et 4&# X00025; Pendentif de Nombreuses Années. Comme ACDE is le CAS P. aeruginosa. des différences des significatifs DANS LES hourly rate of Prévalence par âge se retrouvent, with des Taux also ELEVES Que 8&# X00025; being Signale verser les adultes. Razvi et ses Collègues (249) Que l’Ontario Rapporté incidence de l’infection, la base sur la des Données CFF du registre des patients, juin diminution de 1,3&# X00025; à 0,8&# X00025; Entre 1995 et 2005. La Prévalence globale de l’infection a also diminué de 3,6&# X00025; à 3,1&# X00025; au cours de this period. Une analyse des Données microbiologiques de l’hôpital royal Brompton Indique Que, bien Que la Prévalence de la B. cepacia l’infection d’un complexe de AUGMENTE Manière significative chez les patients des FC adultes Entre 1985 et 1990, il a diminué de 9&# X00025; 4&# X00025; Entre 1990 et 2005 (203).

(Iii) la répartition des Espèces Dans CF.

À l’exception de Burkholderia ubonensis. Toutes les Espèces du B. cepacia complexes were Isolés à partir de cultures D’expectorations des FC; Cependant, certains des Sont beaucoup plus de RENCONTRES couramment DANS LES FC Que d’Autres. La Répartition approximative des B. glaïeuls et B. cepacia complexes Espèces Entre Burkholderia -patients atteints de mucoviscidose infectés aux Etats-Unis sur la is Prévu Fig. &# X200B; Fig.1A 1A (184; mes observations non publiées). multivorans de Burkholderia et Burkholderia cenocepacia Le plus are récupérés SOUVENT, representative environ 70&# X00025; des patients infectés. Au Canada et paie CERTAINS européens, la proportion de patients atteints de mucoviscidose par infecté B. cenocepacia is, plus élévée (3 288). Il Convient de Noter, B. glaïeuls is beaucoup plus de fréquemment retrouvé DANS LES FC Que are la Plupart des Espèces de la B. cepacia complexe et B. cepacia is Relativement de rencontre rare. En outré, certains des patients atteints de mucoviscidose par des are infectés bactéries Qui, sur la base de l’analyse des Génétiques, le are, plus convenablement Inclus dans le B. cepacia complexe, but ne may pas Être affecté à l’juin des Espèces ACTUELLEMENT nommés. CÉS Souches constituant la et probables de nouvelles Espèces supplementaires in the complexe. Enfin, l’incidence des B. multivorans et B. cenocepacia infection Dans les FC semblent au cours Avoir Changé des Dernières Années (115. 251). TANDIS Que B. cenocepacia déjà pris en Compte for the majority des Burkholderia infection Dans CF (251), ACTUELLEMENT, environ Trois fois, plus de patients atteints de pair de de mucoviscidose aux États-Unis are B. multivorans Comme with B. cenocepacia (Figue. &# X200B; (Fig.1B). 1B). Au Royaume-Uni, la reprise de B. multivorans de patients atteints de mucoviscidose Aujourd’hui Depasse also Celle de B. cenocepacia (115).

(A) Répartition des Burkholderia Espèces chez les patients des FC Américains. Les proportions de patients atteints de mucoviscidose infectés Diverses nominale Burkholderia Espèces Sont représentées. Les Données Sont basées sur 2024 patients atteints de mucoviscidose Qui were infectés par le Burkholderia Espèces et Dont les isolats .

(Iv) Les Souches épidémiques.

Diverses methods were utilisées verser Déterminant le génotype Burkholderia d’EVALUER l’épidémiologie de l’infection DANS LES FC (14. 59. 75. 179. 182. 189. 290). études de génotypage à la fin des annees 1980, Les Souches identifiées Qui ÉTAIENT Communs à PLUSIEURS patients Recevant des soins Dans les centres des FC Mêmes (182), Ce Qui propagation suggested de interpatiente. Des Preuves en plus convaincantes de la transmission de patients à patients Burkholderia bientôt SUIVI (116. 181). D’Autres études have Identifié Les Souches communes aux patients atteints de mucoviscidose Dans des Régions Géographiques, plus larges. Parmi ces soi-disant &# X0201c; Épidémie&# X0201d; Souches, le ET12 (pour le type de 12 électrophorétique) Souche was jugée répandue Dans l’Est du Canada et du Royaume-Uni (145. 239). Le Midwest clone et la souche PHDC have salle was Identifie chez les patients des FC in the Midwest et les régions mi-Atlantique des États-Unis, respectively (43. 60. 168. 293). Une souche appelee ST04 (ou de Façon aléatoire amplifié l’ADN polymorphes [RAPD] de Type 04) was Identifié Dans des samples de several patients Dans l’ouest du Canada, et la souche CZ1 was identifiée in the majority des isolats de Burkholderia -patients atteints de mucoviscidose infectés Dans un Prague, République tchèque, centre CF (89. 191. 288). Fait Intéressant, bureaux Cinq- Souches are des Représentants de B. cenocepacia. Supplémentaire B. cenocepacia Souches se Sont révélées Être Partagée par Drogues illicites patients fréquentant divers centres italiens des FC (39. 194). Souches Communs ous partagés Provenant d’Autres B. cepacia complexes Espèces were rapportés, but Ceux-ci Ont généralement impliqué Moins de patients des FC (22. 39. 88. 278). Les exceptions notables incluent Burkholderia dolosa Souche SLC6, Qui was Identifié Dans Une Épidémie involving juin grande proportion De patients Recevant des soins in the same centre américain CF et le &# X0201c; Souche Glasgow&# X0201d; de B. multivorans. Qui was Identifié à partir d’ONU foyer d’infection chez les patients atteints de mucoviscidose Dans this ville au Debut des annees 1990 (22. 151. 350).

(V) Acquisition et transmission.

L’identification des Souches épidémiques suggested Que CERTAINES Burkholderia Souches are particuliérement bien Adaptées à l’infection humaine, en Ontario juin capacity accumulera de transmission de interindividuelle, et / Ou sont élargisse- Distribués in the milieu naturel. Des Preuves irréfutables Pour la transmission interindividuelle de B. cenocepacia Souches ET12 et PHDC et B. dolosa Souche SLC6 was fournie par des enquêtes épidémiologiques sur les éclosions d’infection Dans Les populations de patients Sélectionnés (43. 116. 181). Les diminutions de L’incidence de l’infection L’nominale CES Souches Suivantes l’institution de Mesures de Contrôle confirment l’importance de la transmission des infections de la interindividuelle Dans their epidemiology (43. 213). En fait, l’acquisition de Souches ET12 et SLC6 par les patients des FC Dans les centres de soins Dans les Lequel Politiques de lutte contre les infections severes were maintenues was essentiellement Elimine. La situation de par rapport à PHDC et le clone Midwest is Moins claire. Bien Que l’incidence de l’infection due à un Souches bureaux with a diminué Contrôle Amélioré de l’infection (mes observations non publiées), il n’à pas was Elimine, et la récupération de CES Souches en l’absence de contacts suggested l’acquisition de apparentes AVEC d’Autres patients de sources nonpatient. Strain PHDC was Récupère à partir du sol agricole aux États-Unis et de patients atteints de mucoviscidose Dans aux États-Unis de plongeurs et en Europe, Ce Qui suggested FORTEMENT Que this is souche élargisse- répandu Dans l’environnement naturel, Qui Désert de la source d’acquisition en cours (39. 65. 100. 183). En revanche, la souche Midwest n’à pas Été trouvée Dans les enquêtes sur les Souches Récupérées à partir du milieu naturel Dans les régions where this is souche chez les patients (244. 293). AINSI, à l’heure actuelle, il Semble Que le Contrôle des infections (ou son absence), la répartition Dans le milieu naturel, et peut-etre Un peu inné, non encore non characterised factors bactériens Ont contribué à la capacity des Souches épidémiques à Devenir répandue Dans la population des FC.

L’importance du Malgré des Souches épidémiques Dans l’épidémiologie de Burkholderia. Cependant, il Faut souligner Que la majority des patients atteints de mucoviscidose infectés hébergent des Souches génotypiquement distinctes. En Particulier, bien Que B. multivorans et B. glaïeuls ensemble, representent ainsi que de la Moitié de la Burkholderia infections Dans la population des FC, at least aux États-Unis, Les Souches Appartenant à bureaux Deux Espèces Qui sont Partagées par les patients atteints de Drogues illicites mucoviscidose Sont rares. CÉS observations indiquent that the majority des Nouveaux Burkholderia l’infection chez les patients atteints de mucoviscidose implique ACTUELLEMENT l’acquisition de Souches Provenant de sources Indépendantes, Les plus probables Dans le milieu naturel (115. 210). En effet, juin analyser récente Utilisant typage multilocus sequence (MLST) a que de plus de un 20 démontré&# X00025; de 381 isolats des FC ÉTAIENT à Distinguer des impossibles Souches Récupérées à partir de l’environnement (13). Fait Intéressant, bien B. glaïeuls et B. cepacia Sont bien Reconnus Pathogènes des plantes et d’Autres Espèces, en Particulier ambifaria de Burkholderia. Peut etre FACILEMENT Récupère à partir de La rhizosphère de CERTAINES plantes, B. multivorans n’à was Que Rarement Récupère de l’environnement, et son habitat naturel préféré Reste insaisissable (47. 99. 204. 244. 335).

Enfin, les épidémies Associées aux soins de santé de Nombreux Burkholderia infection due à dés Dispositifs et Or de Produits Les Contamines, y compris les bains de bouche, gels à ultrasons, Antiseptiques verser la Peau, Et Les médicaments, were décrits (15. 21. 32. 96. 126. 139. 170. 186. 206. 219. 231. 233. 245. 304. 344. 250. 259. 345). CÉS vestibules Ont généralement impliqués non-FC patients hospitalisés, but le potentiel de l’acquisition de Burkholderia l’infection chez les patients de bureaux Produits des FC Doït Être pris en Compte Dans Toute Enquête sur l’éclosion.

(Vi) l’épidémiologie de l’infection chronique.

Bien infection Qu’une Transitoire des Voies respiratoires may chez survenir CERTAINS patients, l’acquisition de Burkholderia les resultats le plus gentiment Dans l’infection chronique. Le plus Souvent, l’infection chronique implique Une Seule souche (359); cependant, la coinfection prolongée Avec Deux Souches distinctes may se Produire (mes observations non publiées). Le remplacement d’infectante juin Souche with Une Autre souche initiale au cours de l’infection chronique was décrite. La surinfection due à ET12, Dans Laquelle this souche a Remplacé Une Autre souche infectante, très Probablement eu lieu à la suite de l’infection croisée Provenant d’Autres patients ET12 infectés (116. 173). Le remplacement de B. multivorans nominale Diverses B. cenocepacia Souches are chez le survenus par six patients Mahenthiralingam et ses Collègues (191). Dans un Seul de bureaux le surinfectant CAS Était B. cenocepacia Souche de la lignée de ET12. A l’inverse, le remplacement de B. cenocepacia par des Souches Appartenant à d’Autres B. cepacia complexes Espèces N’a pas été Français English Español OBSERVEE. Dans Une analyse de 1095 Burkholderia Provenant de 379 isolats patients atteints de mucoviscidose, Bernhardt et ses Collègues (20) have TROUVE non changement de la souche infectante versez 24 patients (6,9&# X00025;) par infectés B. cepacia Souches complexes et pour 3 patients (9&# X00025;) par infectés B. glaïeuls. Dans la Plupart des CAS (63&# X00025;), non B. cenocepacia une souche non non RemplacéB. cenocepacia Souche; Aucun des surinfectant B. cenocepacia Souches ÉTAIENT de la lignée de ET12.

Staphylococcus aureus

Incidence et prévalence.

S. aureus Est SOUVENT La Première et Est parmi les agents Pathogènes les plus de Courants de bactéries Récupérées Par les Voies respiratoires des personnes Atteintes de FK (9). En 2008, S. aureus a eté Isole à partir de cultures des Voies respiratoires de 50,9&# X00025; patients de CF Inclus dans le registre des patients CFF (72). La Était Prévalence, plus grande, dépassant 60&# X00025;, chez les enfants âges de 6 à 10 ans et les adolescents âgés de 11 à 17 ans. Analyse du registre des patients CFF Indique also that the Prévalence de la S. aureus infection Chez les patients atteints de mucoviscidose aux Etats-Unis un AUGMENTE régulierement Au Cours des 14 Dernières Années. En 1995, S. aureus was isolé à partir des Voies respiratoires de 37 environ only&# X00025; des patients.

MRSA.

Aussi dramatique Que l’augmentation globale S. aureus l’infection chez CF is l’augmentation de la Prévalence de la méticilline résistant à S. aureus (SARM) Dans This population de patients. En 2001, 7.3&# X00025; des patients déclare au registre des patients CFF Avait Une souche de SARM récupérée Dans la culture (72). La prévalence d’un AUGMENTE à 22,6&# X00025; en 2008. Des augmentations de l’incidence des significatifs et la Prévalence de l’infection à SARM a eu lieu pour tous les âges, Mais la Prévalence Était ainsi grande verser les adolescents âgés de 11 à 17 ans (249). Cependant, l’incidence du SARM et de Prévalence Varient considérablement les centres de SELON treatment des FC. Élitsur et ses Collègues (92) Ont Rapporté juin augmentation constante du Taux d’infection par le SARM Dans un grand centre américain CF Pendentif Drogues illicites Années MENANT à 2004, au cours de l’incidence du Laquelle Temps et des Taux de Prévalence de 10&# X00025; et 27&# X00025;, respectively, were personnes observées.

L’augmentation de l’infection par le SARM Dans CF is parallèle à l’augmentation de l’incidence des acquis communautaire SARM (CA-MRSA), en général, aux États-Unis et ailleurs (71. 135. 160. 208. 242. 298. 324). Souches CA-MRSA par la are caractérisées, présence de la mecA le gène Qui médie la résistance à la méticilline, Sur des éléments genetiques mobiles designated staphylococcique de la cassette chromosome mec (SCCmec ) De Type IV OÜ SCCmec de Type V. This characteristic AINSI Que la présence du lukS-PV et LukF-PV les gènes Qui CODENT versez la leucocidine Panton-Valentine (PVL) distinguent CA-MRSA de Ce qu’on Appelle le SARM Associées aux soins (HA-MRSA) (102. 196. 209. 218. 307). Que l’augmentation CE Soit de l’incidence de l’infection due à CA-MRSA Dans la population générale de l’augmentation de Représente l’infection par le SARM Dans les FC ne are pas tout à fait clair. Glikman et ses Collègues (110) have ANALYSER les isolats 34 SARM Récupère à partir de 34 patients atteints de mucoviscidose Qui recoivent des soins à deux grands centres de treatment Entre 2004 et 2005. Bien Que les isolats HA-MRSA ÉTAIENT, plus de deux, plus foie fréquente Que CA-MRSA Isole, this dernier prédominé chez les patients Qui were nouvellement infectees. De plus recemment, Goodrich et ses Collègues (114) have Evalue la Prévalence de CA-MRSA parmi les patients des FC Qui recoivent des soins Dans Autre Un grand centre de treatment Entre 2005 et 2007. Un total de 140 de (19,8&# X00025;) des 707 patients atteints de mucoviscidose Dans le centre this were par le SARM infectés, taux non comparable à Celui observer chez les patients des FC à l’échelle nationale. Parmi les infectés de SARM patients atteints, 19 (14&# X00025;) recelait CA-MRSA, TANDIS Que les Autres were infectés par le HA-MRSA.

transmission Acquisition et.

S. aureus is a Fréquente des colonisateur narines ANTERIEURES, being présent Dans environ 37&# X00025; des enfants Age De 1 à 19 ans (167). This colonisation, bien that the ainsi Souvent bénigne verser l’hôte, réservoir non HNE importante verser l’acquisition de S. aureus par d’Autres. Colonisation des nares also present non facteur de risque d’infection ultérieure des personnes vulnerables particuliérement, y compris les résidents des etablissements de soins chroniques, les patients subissant juin chirurgie cardiothoracique et les nouveau-nes DANS LES UNITES de soins intensifs (119. 122. 162). Goerke et ses Collègues (111) en culture les narines de 72 personnes Atteintes de FK AGES de 1 à 25 ans et 72 Contrôles non-FC vieillissons. ILs have also Etudie la S. aureus le statut de La colonisation de 128 Membres de la famille de 38 enfants atteints de mucoviscidose et 79 Membres de 23 familles non-FC. ILs have found juin, plus grande Manière significative Prévalence du portage nasal de S. aureus chez les patients atteints de mucoviscidose Qui n’a pas was Series with des Antibiotiques antistaphylococciques au cours des culture Précédentes 4 semaines (66&# X00025;) Que chez les patients atteints de mucoviscidose Qui n’a pas was recemment Traités (29&# X00025;) ous des individus sans CF (32&# X00025;). Génotypage analyses have Montré Que les Individus colonise au sein de la famille same le plus gentiment partagé la same S. aureus contrainte, suggérant Qué les Membres de la famille d’origine are juin acquisition de S. aureus. De plus recemment, Élitsur et ses Collègues (93) have Signale Deux épisodes de transmission de CA-MRSA Entre frères et sœurs atteints de mucoviscidose La transmission de S. aureus patients nonsibling Entre des FC AINSI Que la propagation du SARM chez des patients de les sans CF verser les patients atteints de mucoviscidose Ont also was signalés (109. 273). Dans Une study réalisée par Nadesalingam et ses Collègues (215), les patients des FC SARM infectés Ont temps passe, plus Dé à l’hôpital, un receipt, plus de jours de ciprofloxacine ous céphalosporines treatment, et ÉTAIENT plus de personnes susceptibles d’être infectés par aspergillus fumigatus Que, non infectees, les patients de Contrôle des FC à l’âge et le sexe.

Stenotrophomonas maltophilia

Taxonomie.

Comme with Burkholderia species, S. maltophilia un d’Abord was classé Comme un Pseudomonas species. Il a ensuite was Placé in the genre Xanthomonas (301), et en 1993, Elle was Cessionnaire Dans genre nouveau un, Stenotrophomonas (229). Bien Que phylogénétiquement pas also closely Liée à Burkholderia comme les autres Espèces Qui causent l’infection Dans les FC, y compris Achromobacter et Ralstonia species, S. maltophilia may also Être mal Identifie en Tant que membre du B. cepacia complexe (33. 201). L’utilisation de dosages pair ciblées ARNr PCR Pour l’identification des Espèces Evite de diagnostic this Écueil (348).

Incidence et prévalence.

Le rôle de S. maltophilia Comme un pathogène opportuniste nosocomiale, en Particulier chez les patients et les patients débilités et immunodéprimés necessitant juin assistance ventilatoire DANS LES UNITES de soins intensifs, is bien etablie (6. 127. 156. 212. 336). L’incidence de l’infection chez les patients non-FC a AUGMENTE régulierement au cours des Dernieres Années (83. 270. 289), et Une Variété de syndromes Cliniques were décrits, y compris la bactériémie, la pneumonie, infection des Voies urinaires, infection oculaire, l’endocardite, la méningite, douce et tissus enroulées infection, mastoïdite, cholangite, ostéochondrite, bursite et péritonite (270).

Several études have Montré Que l’incidence de la S. maltophilia l’infection chez CF un also AUGMENTE au cours des Dernières Années (16. 85. 195. 305). Les Données du support d’enregistrement du CFF patient ACDE, Ce Qui Indique Que la Prévalence de la S. maltophilia un AUGMENTE de 4,0&# X00025; en 1996 à 12,4&# X00025; en 2005, les Taux d’infection les plus de Eleves (15,8&# X00025; en 2005) se produisant verser les adolescents de 11 à 17 ans (72 249). Les Données de la Base de Données Royale Brompton Hospital CF indiquent Que la Prévalence de la S. maltophilia chez les patients des FC adultes is passé de 1&# X00025; en 1985-4&# X00025; en 2005, with the Taux le plus de Élevé (7&# X00025;) en 2005 SE trouvant Chez Les patients de 16 à 25 ans (203). Cependant, le manque de Fiabilité des Données historiques sur La Prévalence of this species la DANS FC Limite des conclusions fermes. En outré, contrairement à Burkholderia et P. aeruginosa l’infection de la mucoviscidose, l’infection des Voies respiratoires par S. maltophilia ont tendance à Être et transitoire récurrente (82. 195. 197. 313). AINSI, Comme decrit, plus en détail ci-dessous, les estimations de l’incidence et la Prévalence de S. maltophilia l’infection Dans les FC are significativement affectée par la frequency with Laquelle des cultures D’expectorations Sont obtenus.

transmission Acquisition et.

S. maltophilia sur Trouve couramment in the sol, en Particulier Autour des racines de cultures CERTAINES (129). En fait, il is parmi les causes de les Fréquentes, plus de l’infection des Plaies cotisations d’une ONU Traumatisme involving des machines agricoles (2). Il a also was Identifié Dans le puits et l’eau de la rivière, de sédiments, le lait cru, des fruits Congelés, ET des eaux usées (129. 289). Cependant, les sources d’acquisition de l’infection nosocomiale mal comprend are. L’utilisation inappropriée de la lotion hydratante principale à la place de savon par non travailleur de soins de santé was à l’infection Associée chez les receveurs de greffe de moelle osseuse Dans le centre des Nations Unies (159), TANDIS Que Dans centre Autre non, la contamination des aérateurs de robinets à forte intensité de puits de l’unité de soins was impliqué en Tant que la source de S. maltophilia infection (343). D’Autres études have also Rapporté la récupération of this species de drains de puits de l’hôpital, les robinets, et de l’eau potable (84. 85). Cependant, le génotypage des analyses généralement n’à pas Fourni lien non Entre les isolats obtenus à partir de sources de CES Environnementales de l’hôpital et des patients Ceux récupérés (84. 197). En outré, le génotypage des analyses de several Dizaines de Souches Récupérées chez des patients non-FC Dans un grand hôpital a démontré Que la grande majority ÉTAIENT Génétiquement distinctes, Ce Qui Indique Un manque d’source de juin commune d’acquisition (314).

Denton et ses Collègues (85) Ont CONSTATE Que 33 des 41 S. maltophilia -patients atteints de mucoviscidose infectés Dans le centre de l’ONU treatment abritaient des Souches Génétiquement distinctes; Quatre Paires patients Partages de Souches, suggérant Soit propagation interpatiente ous l’acquisition d’site non environnemental commun. Krzewinski et ses Collègues (166) Ontario ANALYSER S. maltophilia isolats de 183 patients atteints de mucoviscidose infectés Provenant de several centres et trouve only trois CAS de Souches Partagées. De plus recemment, Marzuillo et ses Collègues (197) Ont ANALYSER 110 isolats Provenant de 50 patients atteints de mucoviscidose Dans Grand centre de soins et non Identifié Cinq- Souches distinctes Qui Ont Été Partagées Chacune nominale des Groupes de patients Deux ous de trois. Aucun des 24 isolats Provenant de l’eau, robinets et éviers Dans les chambres des patients correspondait juin quelconque des Souches Récupérées chez des patients infectés. AINSI, bien Que les Données versez la transmission de interpatiente occasionnelle can be trouvée, il apparait that the majority S. maltophilia infections DANS LES FC resulte de l’acquisition indépendante, très PROBABLEMENT à partir de sources environmental.

Les Facteurs de risques d’infection with S. maltophilia par des personnes Atteintes de mucoviscidose were sujets examinés précédemment (178). Grand spectre de treatment antibiotique, Ce Qui entraine juin pression sélective Qui Pourrait favoriser l’émergence de bactéries multirésistantes, un Longtemps was impliquée en Tant que facteur de risque d’écoulement S. maltophilia acquisition. Parmi les patients non-FC, L’utilisation D’Antibiotiques carbapénèmes, en Particulier imipénème, à Laquelle S. maltophilia Souches are resistantes uniformément, was élargisse- considérée Comme conférant non osée d’infection accru (94. 269. 271). Les Taux also cependant Élève de S. maltophilia acquisition were trouvés Entre les personnes imipénème receive et Ceux Series with the &# X003b2; ceftazidime -lactame (41). Dans CF, OU agents de l’utilisation de antipseudomonaux, y compris les Antibiotiques quinolones et aminoglycosides inhale, was impliquée en Tant que facteur de risque (86). Une analyse multivariée des Données générées Dans les essais cliniques de solution de tobramycine verser inhalation (TSI) a démontré that the seul facteur prédictif significatif de S. maltophilia l’isolement au cours du dernier mois de l’study Était l’utilisation concomitante de quinolones et orales S. maltophilia l’isolement avant le treatment (118). L’utilisation de TSI, des STEROIDES systémiques ous inhale, ous &# X003b2; -lactamines ne permettent pas de prédire la suite S. maltophilia infection. Dans Une Autre study, l’utilisation de de par voie de orale, several cours d’Antibiotiques par voie intraveineuse, et l’isolement de A. fumigatus à partir de crachats Échantillons ÉTAIENT significativement associés à l’isolement de S. maltophilia (195). L’association positive Entre l’isolement de aspergillus fumigatus et l’isolement de S. maltophilia à partir d’Échantillons de culture des expectorations were encore signalés recemment (252).

Achromobacter (Alcaligenes ) xylosoxidans

Taxonomie et nomenclature.

bien Que UNExylosoxidans Chromobacter was association reconnue de DEPUIS Nombreuses Annees Comme being de sujets sensibles provoquer juin infection chez les personnes Atteintes de FK (161), la bonne nomenclature of this species un presented défi non. L’espèce was Nommée consécutivement Achromobacter xylosoxidans. Alcaligenes denitrificans subsp. xylosoxidans. et Alcaligenes xylosoxidans subsp. xylosoxidans (320). Le nom Achromobacter xylosoxidans un de nouveau was Proposé en 1998 (356), but ACDE n’à pas Été uniformément acceptée. AINSI, les Espèces ACTUELLEMENT is correctement Appelé Soit Achromobacter xylosoxidans ous Alcaligenes xylosoxidans. En cours d’évaluation taxonomique du genre Achromobacter suggested Que several Espèces distinctes are les sujets sensibles inclus parmi isolats ACTUELLEMENT Identifie Comme being &# X0201c;A. xylosoxidans -Comme&# X0201d; ous &# X0201c;Achromobacter species&# X0201d; (mes observations non publiées).

Incidence et prévalence.

Comme in the CAS B. cepacia complexe S. maltophilia. la vraie frequency de l’infection due à A. xylosoxidans Dans CF Est difficile à établir. Les Données du registre des patients CFF Ontario INDIQUE juin Prévalence (unique definie Comme eu Ayant at least culture juin positif) de 1,9&# X00025; chez les patients Déclare au registre en 1995 (72). La Prévalence rapportée un AUGMENTE à 6,0&# X00025; en 2005, with the Taux le plus de Élevé (8.1&# X00025;) ETANT OBSERVEE Chez les Personnes Agées de 18 à 25 ans (249). Des études en Ontario Montré Ailleurs les Taux d’infection les plus de plongeurs, de Allant de 2 Moins&# X00025; à près de 30&# X00025; according to Façon Dont l’infection was definie, La Période d’observation UTILISEE DANS L’ETUDE ET, La Frequence AVEC les cultures de Laquelle surveillance were obtenues (78. 152. 247. 262. 295. 306).

transmission Acquisition et.

L’acquisition et la transmission de Achromobacter Espèces nominale des personnes Atteintes de mucoviscidose were sujets examinés précédemment (178). à Pareil S. maltophilia. A. xylosoxidans is a pathogène opportuniste à juin Associée Variété d’infections humaines, y compris la bactériémie, la méningite, la pneumonie, l’endocardite, juin péritonite, juin ostéomyélite, infection juin des Voies urinaires et l’endophtalmie (90). La Plupart des infections nosocomiale SONT, Avec Les nouveau-Nés, Victimes de brûlures et d’Autres patients immunodéprimés being les plus une osée (338. 346). Les épidémies attribuées à des solutions contaminées desinfectantes, des fluides de dialyse, solution saline et juin de l’eau déminéralisée were décrites précédemment (185). Les Autres Espèces de genre ce, Achromobacter piechaudii. Achromobacter ruhlandii. et denitrificans Achromobacter. Sont des habitants du sol Qui compositions provoquent Rarement juin infection humaine (154).

Il y a peu de Preuves Que A. xylosoxidans is Transmis Entre les personnes Atteintes de FK Dans Deux petites études Dans centre seul un, Tous les patients infectés hébergeaient Souches génotypiquement distinctes (91. 339). Dans Une analyse multicentrique par Krzewinski et ses Collègues (166), les isolats de 92 patients infectés were ANALYSES, et Cinq- CAS de Souches Partagées were détectées. Centre d’ONU de study Une de soins des FC à Athènes, en Grèce, un Rapporté Que Cinq des neuf A. xylosoxidans -les patients infectés, Sie ETAIENT des Etroits contacts SOCIAUX, Ont partagé juin souche commune (152), TANDIS study Qu’une multicentrique en Belgique un Identifié Deux Groupes de patients (l’ONU des 4 patients et L’AUTRE de 10 patients), Chacune Avec Une souche commune (316). Bien Que l’infection par A. xylosoxidans is Souvent transitoire, infection chronique juin several ANNEES DEPUIS PEUVENT SE Produire et Est le plus gentiment en raison de la persistance de la same souche (166. 205. 235. 262).

mycobactéries

Taxonomie et nomenclature.

Il y a de ACTUELLEMENT Quelque 175 Espèces du genre Mycobacterium. La grande majority d’Entre Eux Sont habitants vivant en liberté de l’environnement naturel, sur Trouve dans l’Eau et le sol. La Plupart de CES Espèces NE Pathogènes are de Pas pour l’homme en bonne santé. D’Autres Espèces des parasites Sont obligatoires, with des Espèces in the Mycobacterium tuberculosis complexe (M. tuberculosis. Mycobacterium bovis. Mycobacterium africanum. Mycobacterium caprae. Mycobacterium Canetti. Mycobacterium microti. et Mycobacterium pinnipedii ), Les agents aux responsables de la tuberculose, et Mycobacterium leprae et Mycobacterium lepromatosis. Qui causent la lèpre, being Le plus notable. Parmi les mycobactéries non tuberculeuses Restantes (TMN) are several agents Pathogènes HUMAINS (opportunistes 97. 149). Ceux-ci comprennent des Espèces à growth tells de Lente Que Mycobacterium kansasii. Mycobacterium marinum. Mycobacterium scrofulaceum. Mycobacterium gordonae. Mycobacterium xenopi. et Mycobacterium terrae AINSI Que les Espèces du Mycobacterium avium complexe (M. avium subsp. avium. M. avium subsp. hominissuis. M. avium subsp. paratuberculose. et Mycobacterium intracellulare ) (153). Les Espèces de TMN rapide growth comprennent Mycobacterium abscessus. Mycobacterium chelonae. Mycobacterium fortuitum. et M. smegmatis (31).

Incidence et prévalence.

L’isolement de la FMO à partir d’Échantillons Respiratoires de patients atteints de mucoviscidose was Rapporté LES ANNEES DEPUIS 1970 (134). DEPUIS LORs, les estimations de l’incidence et la Prévalence de bureaux Espèces DANS LES FC Ont beaucoup varié, with des Taux de Prévalence variante Entre 2 rapportés&# X00025; et 28&# X00025; (4. 17. 95. 98. 101. 108. 133. 176. 214. 227. 279. 310). Fr 2003, juin Etude multicentrique de patients potentiels 986 des FC AGES de 10 ans à 51 ans (moyenne, 23 ans) Recevant des Soins Dans 21 centres aux Etats-Unis a Révélé non rate of 13 Prévalence&# X00025; (226). M. avium 72 isolats complexes représentaient&# X00025; des patients infectés; M. abscessus Était la suivante la plus de Courante, Survenant Dans 16&# X00025; des patients. Une study ultérieure par Pierre-Audigier Et Ses collegues (237) des patients 385 des FC de Moins de 24 ans (moyenne 12 ans) Recevant des soins Dans trois centres des FC à Paris, France, infection Identifie NTM Dans 8&# X00025; des patients. Contrairement à l’étude des Etats-Unis, M. abscessus was le plus gentiment trouvé (39&# X00025;), SUIVIE par M. avium complexe (21&# X00025); et M. gordonae (18&# X00025;) Isole. A noter Que la Prévalence de la MFO Était significativement, plus Faible chez les patients âgés de 15 ans Moins de Québec chez les patients ainsi que les âges, et bien au Québec M. abscessus was isolé à tous les âges, M. avium complexes ne isolats Sont Pas récupérés Chez les patients âgés de 15 ans Moins de. Une study, plus récente par Levy et ses Collègues (177) un found juin Prévalence de l’infection MFO DU 22&# X00025; parmi les 186 patients atteints de mucoviscidose (âge, 24 ans moyenne) Recevant des Soins de la DANS centres de Sept en Israël. Mycobacterium simiae was les Espèces Les plus communes récupérés, representative 40&# X00025; Des Souches isolées NTM. This species, Qui est par ailleurs en Rarement Associée à l’infection humaine, is the Type Le plus commun MFO isolé à partir d’Échantillons en Israël Cliniques (268). Comme dans un d’Autres études, M. abscessus et M. avium Souches Complexes ÉTAIENT les next Espèces Les plus communes trouvées, Ce Qui Représente 31&# X00025; et 14&# X00025; Des Souches isolées MFO, respectively.

Le Nombre de patients signalés au Registre des patients CFF Comme being infectés par la MFO are requises relativement Faibles; néanmoins, La Prévalence DECLAREE un AUGMENTE régulierement la DANS Chacune des 10 Dernières Années, Allant de 0,85 en 1999 à 2,18 en 2008 (72). Jusqu’a Ce que la culture de mycobactéries DEVIENT non Élément de routine in the treatment microbiologique des Échantillons d’expectorations des FC, bureaux Donnees sous-estiment la véritable incidence et la Prévalence de l’infection chez les patients NTM US FC.

transmission Acquisition et.

Les Facteurs de risques Pour l’acquisition de la FMO par des personnes Atteintes de la mucoviscidose RESTENT mal compris. study Une multicentrique par Olivier et ses Collaborateurs (226), Dans Lequel M. avium isolats complexes représentaient la majority de l’infection MFO, un CONSTATE Que par rapport aux sans de patients infection MFO, les patients Qui ÉTAIENT Positifs ÉTAIENT la culture MFO ainsi AGES, avaient juin Meilleure fonction pulmonaire, et Avait juin frequency, plus élévée de S. aureus infection et juin frequency Inférieure de P. aeruginosa infection. Des Etudes menées nominale d’Autres Identifié have la présence de Aspergillus Espèces Dans des Échantillons d’expectorations et non treatment aux STEROIDES de l’aspergillose broncho-pulmonaire allergique Comme being des factors de possibles osées Pour l’acquisition MFO (177. 214). Les différences frappantes Dans Les distributions des Espèces de TMN Récupère des patients des FC Dans Différents Groupes d’âge des notes par Pierre-Audigier et ses Collègues (237), Comme decrit ci-dessus, indiquent Que les Espèces de TMN Varient considérablement rapport par à their epidemiology et, très Probablement, la virulence CF.

Il y a Peu de Preuves for the transmission interindividuelle CES de (Espèces 17. 226). J&# X000f6; nsson et ses Collègues (148) have CONSTATE Que, parmi les 14 patients atteints de mucoviscidose with infection MFO, juin souche commune n’à was trouvée Que Dans Une paire de frères et soeurs.

D’AUTRES Espèces bactériennes

Haemophilus influenzae .

non typable H. influenzae isolats commensaux Communs are des Voies de normales supérieures humaines Qui sont capables de provoquer d’infections juin Variété, y compris l’otite moyenne, la sinusite, la bronchite et la pneumonie communautaire. L’infection chronique par H. influenzae may soi PRODUIRE Chez les personnes Souffrant de maladies des Voies respiratoires inférieures, Telles Que la maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) et la bronchiectasie. Dans CF, H. influenzae un recognized Longtemps was Comme un colonisateur Fréquente des Voies respiratoires des Nourrissons et des enfants; this is espèce Récupère à partir d’environ 20&# X00025; des enfants atteints de mucoviscidose AGES de Moins de 1 an (72). Les photos de Prévalence à environ 32&# X00025; Pour les enfants âges de 2 à 5 ans et diminue par la suite, tombant à Moins de 10&# X00025; chez les adultes atteints de mucoviscidose En 1995, la Prévalence globale de non typable H. influenzae Pour Les isolats patients signalés au Registre des patients CFF 10.3 Était&# X00025; (72). Cela a AUGMENTE à 16,3&# X00025; en 2008, les plus de fortes hausses being personnes observées Pour les enfants âges de Moins de 5 ans. On ne sait pas si une augmentation this resulte de l’évaluation d’UN Plus grands Nombre de Jeunes Enfants atteints d’Une maladie bénigne Sie were Identifie grace à des programmes de dépistage néonatal. Similaire à la population générale, la colonisation des Voies respiratoires supérieures with H. influenzae chez les personnes Atteintes de FK Semble Être Assez dynamique. ROM&# X000e1; n et ses Collègues (258) isolats évalués récupérés à partir de 27 patients atteints de mucoviscidose au cours de 7 ans (la period médiane d’observation par le patient de 41 Était mois). La majority (90&# X00025;) des patients was cocolonized Avec Deux ous several Souches au cours distinctes de la period d’étude, et only Cinq patients Était la same souche isolée à several des reprises Dans des cultures de série au cours de la Période d’observation.

Ralstonia et Cupriavidus species.

le genre Ralstonia was Nommé en 1995, with Ralstonia pickettii (Anciennement Appelé pickettii Pseudomonas et alors Burkholderia pickettii ) ETANT designated l’espèce de type (358). This species, bien Qu’un pathogène humain rare, was identifiée Dans des foyers nosocomiaux et pseudoepidemics causées par des solutions de soins de diagnostic et de patients Contamines (28. 66). le genre Ralstonia ENSUITE élargie verser INCLURE several Autres Espèces, ne pas CERTAINS, en Particulier, Ralstonia mannitolilytica. Ralstonia paucula. et Ralstonia Gilardi. have also was Identifie Dans des samples et les Cliniques Humains épidémies nosocomiales (55. 77. 318. 325. 342). En 2003, Deux Nouveaux Ralstonia species, Ralstonia insidiosa et Ralstonia respiraculi. were identifiées parmi &# X0201c;R. pickettii -Comme&# X0201d; Provenant des isolats de cultures d’expectorations FC (56. 67). après de peu, l’analyse comparative de L’ARNr 16S de Séquences de gènes, AINSI Que des analyses phénotypiques, plus DÉTAILLÉE, une INDIQUE Que Deux sous-Groupes phylogénétiques au sein distinctes existaient du genre Ralstonia. Le nom Wautersia un proposed ETE verser groupe un, le nom Alors Que Ralstonia was Preserve versez les Espèces du groupe Qui comprenait R. pickettii (326). Il is vite Devenu évident cependant, au Québec Wautersia eutropha. Type de l’espèce du genre Wautersia. Était non synonyme junior de Cupriavidus necator. Type de l’espèce du genre Cupriavidus. Qui was en 1987 Nommé (193). AINSI, convention par taxonomique, le nom Wautersia un Remplacé par Dû d’Être Cupriavidus. et toutes ses les Espèces du genre Wautersia les Espèces du genre Devenus Cupriavidus .

Il y a Maintenant Cinq- du genre Espèces Ralstonia. Les Espèces connues versent provoquer l’infection de juin humaine, y compris l’infection chez les patients atteints de mucoviscidose, are R. pickettii. R. mannitolilytica (Anciennement Connu sous le nom R. pickettii biovar 3 /&# X0201c;thomasii &# X0201d;) (77), et R. insidiosa (56). Parmi les 11 Espèces Maintenant Inclus dans le genre Cupriavidus (317) ne are Cupriavidus pauculus (Sous le Précédemment Connu Centers for Disease Control and Prévention groupe [CDC] IVc-2) (318), Cupriavidus gilardii (55) Cupriavidus respiraculi (67), et Cupriavidus taiwanensis (44), Qui Ont also Ete récupérés à partir de cultures Respiratoires des patients atteints de mucoviscidose (64).

La Frequence et l’incidence clinique de Ralstonia et Cupriavidus infection des Espèces DANS LES FC have pas was systématiquement Etudie (178). Brûlures et ses Collègues (35) found R. pickettii Dans only 2 des 559 patients des FC participant à des essais cliniques de la STI. Une study réalisée en 2002 par Coenye et ses Collègues (66) un Identifié par infectees 38 personnes Ralstonia Espèces parmi several Centaines de patients atteints de mucoviscidose aux États-Unis. Les niveaux de deux (n &# X0003d; 25) de CES patients were infectés par le R. mannitolilytica. patients neuf were infectés de pair R. pickettii. Deux nourrissaient R. gilardii. non nourrissaient R. taiwanensis. et le patient, RESTANT was infecté par l’ONU Ralstonia Espèces Qui ne PEUVENT Être classés Dans l’juin des Espèces ACTUELLEMENT connues. Aucune preuve de Souches Partagées, Ce Qui suggested transmission de juin de interindividuelle, was Attention, Mais génotypage analyser l’infection chronique indiquée de patients Drogues illicites. Une analyse, plus récente des expectorations CF fait référence à isolats la Burkholderia cepacia Laboratoire de recherche et de Repository (BcRLR) (Université du Michigan) Ont confirmé la reprise de Ralstonia et Cupriavidus Espèces de 72 et 73 patients atteints de mucoviscidose, respectively, aux États-Unis au cours des 5 ans Entre 2004 et 2008 (tableau &# X200B; (Tableau 2). 2). Bis, R. mannitolilytica la majority représentaient (60&# X00025;) de Ralstonia infections les, TANDIS Que C. respiraculi Était le plus de fréquent (53&# X00025;) Cupriavidus les Espèces identifiées. Il is importants de Noter Qué bureaux Chiffres are BASES sur des isolats étaux Pour l’analyse et sous-Fait Probablement Estimer La Frequence réelle de L’infection nominale CES Espèces Dans population this de patients.

patients atteints de mucoviscidose infectés 2004-2008

Pandoraea species.

le genre Pandoraea was decrit en 2000 Suite à juin évaluation complète des isolats taxonomique bactériens récupérés Principalement des cultures D’expectorations FC (54. 178). CÉS isolats were initialement Identifie Comme being Soit Burkholderia ous Ralstonia Espèces basées-sur des essais phénotypiques de routine, but n’à pu Être confirmée en Tant que par des analyses Telle génotypiques. Quatre Espèces were nommés au sein de nouveau genre de ce, y compris Pandoraea apista. Pandoraea pulmonicola. Pandoraea pnomenusa. et Pandoraea sputorum. Une study also un taxonomique INDIQUE Que les Espèces Burkholderia norimbergensis doivent Être en reclassés Tant que membre de CE genre also bien. Un amount additional de Pandoraea genomospecies (à savoir les Espèces représentées par trop Peu d’isolats versent receive juin désignation formelle binomiale) un also was Definis. Par la suite, l’study taxonomique par les Centers for Disease Control and Prevention a démontré Que les bactéries précédemment classées Comme CDC Faible groupe comburant 2 (WO-2) des isolats ÉTAIENT P. apista. P. pnomenusa. ous l’ONU des trois Autres Pandoraea genomospecies (74).

Bien Que de patients atteints de Nombreux mucoviscidose were Identifie Comme being chroniquement infectés par le Pandoraea Espèces (54; mes observations non publiées), la Prévalence de bureaux Espèces Dans la mucoviscidose is inconnue. L’analyse des crachats CF à l’Envoyé isolats BcRLR (Université du Michigan) a Identifié Pandoraea Espèces Dans des Échantillons Provenant de 74 patients atteints de mucoviscidose aux États-Unis Entre 2004 et 2008 (tableau &# X200B; (Tableau 2). 2). Parmi ces patients, P. apista. P. pnomenusa. et P. sputorum représentaient des proportions Ë PEU Prés Egales D’infections. Le sait peu sur Le Rôle pathogène de bureaux Espèces DANS LES FC bactériémie due à P. apista Dans un CF with adolescent, AINSI Que les infections des Voies respiratoires chroniques with this species DEPUIS PLUSIEURS ANNEES Dans Deux patients atteints de mucoviscidose adulte were décrits (11. 144). Un rapport en 2003 decrit la propagation d’juin P. apista Souche chez les six patients atteints de mucoviscidose Qui fréquentent le camp non d’hiver, ne pas la Plupart Ont Connu juin détérioration significative de la fonction pulmonaire par la suite (150). Un autre rapport of this same année decrit la septicémie et la mort en raison de P. pnomenusa chez ONU patients après des FC non transplantation pulmonaire juin (299). Outre les Rapports tells Que Ceux-ci, Pandoraea Espèces are gênants DANS LES FC Dans la mesure where ILS are généralement mal Identifie comme d’Autres Espèces, en Particulier B. cepacia isolats complexes, Ce Qui un impact non profond psychosocial sur les patients des FC et de their families (61. 62. 207).

inquilinus limosus .

le genre inquilinus was decrit en 2002 après juin évaluation complète des CF taxonomique expectoration isolats Qui défiait l’affectation à UNE ESPECE Bactérienne connues basées-sur des analyses phénotypiques (57). La Seule espèce in the genre is inquilinus limosus. Qui was Nommé sur la base de de l’adjectif latin &# X0201c, plein de boue&# X0201d; ous &# X0201c; gluante,&# X0201d; en reconnaissance du phénotype mucoïde Hautement of this species. Un certain Nombre de Rapports Ontario decrit la reprise des DEPUIS I. limosus de patients atteints de mucoviscidose en Amérique du Nord et en Europe (23. 46. 80. 130. 275. 347). Une analyse des isolats fait référence à la BcRLR (Université du Michigan) a Identifié this species Dans les isolats de 20 patients US FC Entre 2004 et 2008 (tableau &# X200B; (Tableau 2). 2). le genre inquilinus contains also genospecies ONU non sans nom en rappel, ne faites pas les Représentants have also was récupérés à partir de spécimens des FC (57).

Bien Que l’importance de l’infection par I. limosus sur l’évolution clinique des personnes Atteintes de FK is inconnue, il is clair Que les patients chroniquement PEUVENT Rester infectée pendant des Périodes prolongées (46. 347; mes observations non publiées). La source de de l’acquisition of this species is also inconnu; Toutefois, rapport non de l’infection chez l’ONU non-CF patients suggested l’acquisition nosocomiale (157). Preuve de la propagation interpatiente fait défaut. Dans rapport non de six I. limosus -patients atteints de mucoviscidose infectés, Schmoldt et ses Collègues (275) found Aucune souche commune, same parmi les trois patients receipt Ayant des soins en same temps a Dans la même clinique de FK.

Espèces Aerobies plongeurs.

Several Autres Espèces bactériennes were rapportés COMME ETANT Récupère à partir de cultures D’expectorations des FC. Ceux-ci comprennent des Espèces Qui were Rarement associés à l’infection humaine juin, Telles Que Bordetella hinzii. Comamonas testosteroni. Moraxella osloensis. et Rhizobium radiobacter. AINSI que mal definie Acinetobacter. Chryseobacterium. Herbaspirillum. et Xanthomonas Espèces (57). La Plupart de CES élargisse- Distribués taxons are Dans l’environnement naturel Comme saprophytes ous Pathogènes de plantes OÜ d’animaux. Leur frequency réelle et son rôle Dans la maladie pulmonaire Dans la mucoviscidose Sont inconnus.

Une analyse des isolats fait référence à la BcRLR (Université du Michigan) Identifié Acinetobacter Espèces DANS LES Échantillons Provenant de 53 patients US FC Entre 2004 et 2008 (tableau &# X200B; (Tableau 2). 2). SEULS Cinq patients were Identifie Comme being infectés nominale Acinetobacter baumannii. Une espèce Qui a receipt juin attention considérable en Tant que pathogène émergent multirésistante nosocomiale (243). La majority des Acinetobacter -Le nominal de patients les hébergeaient des Souches Qui ne pouvaient pas Être lieux en toute confiance Dans l’juin des 24 Espèces ACTUELLEMENT INCLUSES Dans le genre de ce.

Un récent sondage réalisé par Spilker et ses Collègues (291) Identifié several Bordetella Espèces parmi les isolats Provenant d’Échantillons Respiratoires de patients atteints de mucoviscidose. La Plupart ÉTAIENT Bordetella bronchiseptica /Bordetella parapertussis. bien au Québec Bordetella hinzii. Bordetella petrii. Bordetella avium. et several non caractérisés Bordetella les Espèces have also was trouvées. L’infection chronique d’patients non adulte CF with B. hinzii un rapportée de été (103). Spilker et ses Collègues (292) un Identifié de recemment Herbaspirillum Espèces Dans les cultures de 28 patients atteints de mucoviscidose aux Etats-Unis. Une analyse, plus récente des isolats fait référence à la BcRLR (Université du Michigan) a Identifié 31 patients atteints de mucoviscidose with infection Bordetella les Espèces et 29 infectees par Herbaspirillum Espèces aux États-Unis Entre 2004 et 2008 (tableau &# X200B; (Tableau 2). 2). Bien Que le rôle de bureaux Espèces Dans Les maladies pulmonaires Dans la mucoviscidose Reste incertain, ILS se distinguent Comme being Souvent mal Identifie, le est plus comme Souvent Burkholderia Espèces, essais nominale des de routine phénotypique.

Recemment, en juin Utilisant combinaison de la culture indépendante et des Approches fondées sur la culture, Sibley et ses Collègues (282) Espèces identifiées in the Streptococcus milleri groupe (composé de Streptococcus constellatus. Streptococcus intermedius. et Streptococcus anginosus ) Dans les patients atteints de Drogues illicites mucoviscidose connaissent exacerbations des Respiratoires Symptômes. CÉS Espèces were détectées Dans les samples des FC par d’Autres Chercheurs, à nouveau en Utilisant à la foie indépendante de la culture et des techniques fondées sur la culture (38. 128. 312). This Etude par Sibley et ses Collègues analyser AINSI Qu’une rétrospective des 10 Autres S. milleri -patients atteints de mucoviscidose infectés suggèrent Que les Espèces au sein of this groupe PEUVENT JOUER UN ROLE Dans importants la maladie CF pulmonaire de chez (232).

Several Espèces de bactéries Gram négatif, Telles Que entériques Escherichia coli. Morganella morganii. Klebsiella pneumoniaee. et Serratia marcescens. Peut aussi être un Récupère à partir de cultures D’expectorations FC (35. 40). Parmi ces bactéries, S. marcescens is Le plus fréquemment retrouvé (35. 57). En général, Ceux-ci Sont considérés COMME DES colonisateurs transitoires Qui ne are pas associés à juin tombe maladie.

Enfin, non rapport récent decrit la récupération de Segniliparus rugosus à partir de trois patients atteints de mucoviscidose (37). This species AINSI Qué Segniliparus rotundus le genre decrit constituer recemment Segniliparus (36). CÉS bacilles FORTEMENT Acides-Rapide Semblables are de phénotypiquement, et PEUVENT Être Facilement confondus with, en growth rapide des mycobactéries. Que this Soit OÜ bureaux Espèces will be Identifie Avec Une frequency croissante Dans les FC est comme la culture non verser MFO DEVIENT routine reste à voir.

Espèces anaérobies.

Le rôle Que les Espèces anaérobies PEUVENT Avoir a contribuer à la maladie des Voies respiratoires Dans la mucoviscidose was longuement débattue. Quelques Rapports des Années 1980 et 1990 Ont decrit La RECUPERATION de concentrations des significatifs (&# X0003e; 10 5 UFC / ml) des Espèces anaérobies de transtrachéaux et thoracotomie spécimens Provenant de patients atteints de mucoviscidose, Ce Qui suggested juin infection des Voies respiratoires inférieures (30. 143. 309). De plus recemment, la démonstration des gradients d’oxygène abruptes et donnes conditions anaérobies Totalement Dans Les Poumons des patients atteints de mucoviscidose (354. 360) et l’identification des Espèces anaérobies DANS LES expectorations CF et lavage broncho-alvéolaire (BAL) des spécimens en Utilisant des methods de culture microbienne de détection indépendante (24. 163. 254 -256) have interest non renouvelé verser la signification des anaérobies Dans CF. Rogers et ses Collègues (254) have used juin analyse de la culture indépendante basée à ARNr 16S verser Détecter several et facultatif obliger les Espèces anaérobies Dans des samples D’expectorations des FC, y compris Bacteroides sp. Porphyromonas sp. Prevotella sp. et Veillonella sp. Harris et ses Collègues (128) have used juin Methodology Similaire verser Détecter 65 Espèces Différentes Dans des samples de fluide BAL de 28 enfants atteints de mucoviscidose Encore une fois, several Espèces anaérobies, essentiellement Prevotella et anaérobie streptocoque les Espèces were détectées. Des études des cultures anaérobies Utilisant de spécimens Respiratoires CF also les récupèrent en Espèces anaérobies Quantités IMPORTANTES. Tunney et ses Collègues (312) 14 genres de récupérés anaérobies obligatoires à partir de cultures de 42 de 66 (64&# X00025;) Echantillons D’expectorations des Adultes atteints de Mucoviscidose AINSI Qué BAL Echantillons de Provenant de patients Liquide pédiatriques. Les Espèces were Principalement Dans Les genres Prevotella. Veillonella. Proprionibacterium. et Actinomyces et were isolées Dans des concentrations comparables à Celles de P. aeruginosa (Entre 10 4 et 10 7 UFC / g de crachats). L’infection par P. aeruginosa AUGMENTE de Manière significatifs La Probabilité Qué les Espèces anaérobies seraient récupérés à partir de patients. CES De plus recemment, Worlitzsch et ses Collègues (353) Récupère juin ous several Espèces anaérobies obligatoires à partir de crachats de 41 de 45 (91&# X00025;) patients atteints de mucoviscidose. Un total de 168 de 16 à Espèces Appartenant genres were Identifie, with the Espèces Les plus communes ETANT Staphylococcus saccharolyticus et Peptostreptococcus prevotii. Des cultures Quantitatives à nouveau des Révélé Densités bactériennes à comparables Ceux trouvés AVEC P. aeruginosa et S. aureus. Cependant, contrairement à l’study par Pâturage et al. la présence de P. aeruginosa n’à pas AUGMENTE la Probabilité de Rétablissement des Espèces anaérobies. De Telles études indiquent Que les cultures anaérobies de spécimens Respiratoires de la majority des patients atteints de mucoviscidose seraient censes Être POSITIFS POUR UNE Variété D’Espèces. Cependant, L’expectoration expectorations et same des Échantillons de fluide BAL Contamines par are Probablement des bactéries Qui résident Dans les de Voies normales supérieures, oropharynx, et des sinus. Rogers et ses Collègues (255) UTILISE microbienne à base de Profilage D’ARNr 16S de démontrer des différences Chapiteaux DANS LES COMMUNAUTES microbiennes DANS LES Échantillons de bain de bouche par rapport à des samples de Ceux de crachats patients atteints de mucoviscidose, Ce Qui suggested Que L’expectorations expectoration ne pas Soit contaminated de Manière significative par les bactéries PRESENTES Dans la cavité buccale. Néanmoins, en l’absence d’échantillonnage stérile des Voies respiratoires inférieures et / ous juin, plus directe des détection anaérobies-sur les sites de CES et juin Meilleure corrélation Entre la présence d’Espèces anaérobies et la progression de la maladie, des question sur la pertinence de bureaux Espèces Dans les FC en vont persister.

CHAMPIGNONS

Une Variété de levures et de champignons filamenteux were récupérés à partir de cultures de spécimens Respiratoires des personnes Atteintes de mucoviscidose Parmi Ceux-ci, A. fumigatus un receipt Le plus d’attention, being des Espèces les plus les communes de champignon filamenteux isolé et capable de précipiter juin response inflammatoire allergique chronique infection de juin de ous invasive après transplantation pulmonaire. D’AUTRES Espèces fongiques, y compris dermatitidis Exophiala et Scedosporium Espèces, are de plus les en, plus capable de reconnues Comme provoquer la colonisation chronique ous infection de juin being des Voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose. L’épidémiologie et la signification clinique des champignons filamenteux DANS LES FC have recemment was EXAMINE (238). Principales Caractéristiques de l’épidémiologie des levures et moisissures couramment identifiées Dans les cultures des FC will be mis en preuve Dans les sections Suivantes.

Aspergillus espèce

A. fumigatus is le champignon filamenteux, plus commun impliqué Dans la maladie du poumon CF. Les Taux de Prévalence Déclare Varient de 6&# X00025; à peu PRES 60&# X00025; (12. 18. 19. 48. 172. 202. 211. 220. 284. 285. 315). This grande gamme de resultats probables des différences de méthodologie de la culture, en Particulier le Type de support used verser recuperer les champignons, l’âge des patients étudiés, les Fréquences de la culture, des définitions de &# X0201c;Aspergillus positif,&# X0201d; Et Les périodes d’observation. utilisées de Bakare et ses Collègues (12) have used le agar de glucose Sabouraud verser recuperer A. fumigatus 43 à partir de 94 (46&# X00025;) patients atteints de mucoviscidose adulte (âge médian 28 ans) Recevant des soins Dans un centre allemand pendentif juin period 6 mois. Un Taux Similaire was Rapporté par Valenza et ses Collègues (315), Qui a Récupère A. fumigatus 47 à partir de 60 (78&# X00025;) Adultes ET patients pédiatriques (âge médian, 18 ans) Centre Autre non fréquentant de soins de CF en 2006. Aux allemand États-Unis, la prévalence des patients en Ontario Rapporté au régistre des patients Dont CFF Aspergillus was Récupère is considérablement plus de Faible, but une AUGMENTE de 11&# X00025; en 1999-1914&# X00025; en 2008 (72).

La Plupart des études Dans la Prévalence de Lesquelles A. fumigatus is stratifié according to âge indiquent Que l’infection is rare chez les Relativement jeunes enfants et AUGMENTE régulierement with the âge (238). Dans Deux études multicentriques de France, Pihet et Collègues (238) Ont Montré Que l’âge des patients Moyen when A. fumigatus un d’Abord was isolé ÉTAIENT 12,3 et 14,1 ans, respectively. Les analyses de génotypage indiquent Que les patients PEUVENT Être successivement ous simultanément infectés par several Souches de Différentes A. fumigatus (52). Cependant, chez les patients presentant Une infection chronique ous récurrente, Une Seule souche DEVIENT FINALEMENT dominante. Recemment, Vanhee et ses Collègues (331) have used juin méthode basée sur microsatellite-haute résolution au génotype 256 A. fumigatus isolats récupérés à partir de huit chroniquement infectés patients atteints de mucoviscidose français et belges. Nations unies au total de 161 génotypes were concepts distincts trouvés. types Seuls Quatre were partagés Entre les patients et les patients Tous were trouvés Pour Etre par co-infectés des Souches multiples. Verser Sept des Huit patients, juin OÜ several Souches have Persiste Dans les cultures séquentielles Obtenu at least 5 mois d’intervalle, Ce Qui Indique Que la colonisation chronique with the same Souche verser des Périodes de temps prolongées ne pas are rares.

Bien Que l’infection with invasive A. fumigatus may se Produire chez les personnes Atteintes de la mucoviscidose, en après la transplantation Particulier pulmonaire, la complication la plus de Fréquente de Aspergillus infection is aspergillose bronchopulmonaire allergique (ABPA) (141). ABPA manifeste par juin aggravation de la maladie pulmonaire Avec Une respiration sifflante, essoufflement un, une toux et des Douleurs thoraciques. Les estimations de la frequency de l’ABPA Varient considérablement en raison des différences DANS LES définitions des ABPA utilisées Diverses études nominale. ACTUELLEMENT, le diagnostic de APBA Dépend de la présence d’Une détérioration clinique aiguë subaiguë ous non attribuables à Une Autre étiologie et Associée à: (i) Une IgE sériques Totales de titre Élevé, (ii) Une réactivité cutanée immédiat A. fumigatus ous La Présence d’Igé sériques Spécifiques, et (iii) la présence d’IgG sériques Spécifiques ous des signes d’infection récente sur la radiographie du thorax Qui ne répondent pas à la physiothérapie ous d’ONU treatment antibactérien (296).

Autre Aspergillus Espèces PEUVENT also Être récupérés à partir de cultures de sécrétions Respiratoires des FC. CÉS Espèces comprennent flavus aspergillus. Aspergillus Niger. Aspergillus nidulans. et Aspergillus terreus. Parmi ces Espèces, A. terreus was Signale Comme being Le plus commun (238).

Autres Espèces fongiques

Scedosporium species.

le genre Scedosporium (Anciennement Connu sous le nom anamorphe, ous de l’état asexuée, du genre Pseudallescheria ) Espèces Contains ACTUELLEMENT de Cinq: apiospermum Scedosporium. boydii Scedosporium. prolificans Scedosporium. Scedosporium aurantiacum. et Scedosporium dehoogii (106). Ce are des champignons saprophytes filamenteux Qui se trouvent A être élargisse- Distribué in the milieu naturel, y compris in the sol, les eaux usées de l’eau, contaminée, et le fumier des animaux d’élevage (81 300). Parmi ces Espèces, S. aurantiacum et S. dehoogii were recemment décrits; par Conséquent, les Rapports de bureaux Espèces causant l’infection police humaine défaut (106). En revanche, several Rapports décrits S. apiospermum (Ou fils anamorphe ancien, Pseudallescheria boydii. Qui est Maintenant Placé Dans les Espèces distinctes S. boydii ) et S. prolificans Comme des Pathogènes opportunistes émergeant chez les Sujets immunodéprimés (42. 121. 253). CÉS Deux Espèces have also was being Récupère Comme décrits de patients atteints de mucoviscidose, bien Qu’Il y AIT Quelques bonnes estimations de la frequency de l’infection population Dans this. Autant Que 10&# X00025; patients de CF Recevant des Soins Dans le centre non de soins en Australie were signalés Comme eu d’ayant Scedosporium Espèces Récupérées à partir de cultures D’expectorations Au Cours D’une period 17 mois en 1997 et 1998 (351). Vers la same époque, juin study prospective de 5 ans de la France un Récupère S. apiospermum à partir d’Échantillons D’expectorations de 11 128 (8,6&# X00025;) patients atteints de mucoviscidose, Ce Qui en Fait le filamenteux champignon, plus Commun après de Identifié A. fumigatus (50). De plus recemment, Scedosporium were récupérés à partir de 6 sur 42 (14 Espèces&# X00025;) patients atteints de mucoviscidose Dans le centre non de soins de CF allemande (137). En revanche, bien Aspergillus et candidose were récupérés des Espèces de plus de de la Moitié des 60 patients atteints de mucoviscidose étudiés de Janvier à Décembre 2006 à l’ONU centre de soins Autre de CF ALLEMAND, pas Scedosporium les Espèces were identifiées (315). This différence Dans les Taux de récupération resulte des différences Dans les methods de culture probable utilisées la DANS CES études. L’utilisation d’ONU milieu semi-sélectif est comme la gélose extrait-peptone-dextrose de levure, plus cycloheximide ous dichloran-rose bengal agar-chloramphénicol, plus bénomyl Facilite la récupération des considérablement Scedosporium (238).

Une study récente de 162 Cas de S. prolificans infection rapportés in the English, espagnole, et de la littérature de langue française en Ontario CONSTATE Que CF en second lieu Était only à la malignité Que la situation sous-jacente la plus de Courante à l’infection Associée; 19 162 CAS (12&# X00025;) is survenue chez les patients des FC (253). Les Facteurs de risques Pour l’acquisition de Scedosporium Espèces Par les patients des FC Pas ne de Sont claires. S. apiospermum was found in the sol et l’et, including d’eau, in the sol de 36 à 55 (65&# X00025;) les plantes en pot échantillonnés Dans les maisons de six patients atteints de mucoviscidose infectés par this species (81. 238). Il y a peu de Preuves de la propagation de interindividuelle de S. apiospermum Entre les patients atteints de mucoviscidose. Defontaine et ses Collègues (79) Ontario Effectué juin analyse de génotypage de 129 isolats Provenant de neuf patients atteints de mucoviscidose Qui recoivent des soins Dans Trois centres français Entre 1998 et 1999. Souches non partagés were trouvés, et la Plupart des patients were by a la souche de chroniquement unique.

Exophiala (Wangiella ) dermatitidis .

Exophiala (Wangiella ) dermatitidis se developpe Comme une levure noire à 37&# X000b0; C et un champignon filamenteux à température Ambiante. La taxonomie et la nomenclature of this species are controversées. Alors Qu’il est le plus gentiment appelee E. dermatitidis. il is Considéré par de taxonomistes Nombreux Pour Etre ainsi correctement classés est comme la Seule espèce du genre Wangiella. Néanmoins, this species was décrite Comme provoquant juin infection Chez les personnes Atteintes de FK en 1990 (124). PLUSIEURS AUTRES Rapports de Cas décrivant le Rétablissement of this species de patients atteints de mucoviscidose, en Allemagne Principalement, par are apparus la suite (25. 87. 123. 138. 169. 216. 248. 274). Les Taux de Prévalence signalés parmi les patients atteints de mucoviscidose en Europe, Varient Entre 1&# X00025; et 16&# X00025; (12. 138. 238); Cependant, les Rapports of this species causant l’infection chez les patients atteints de mucoviscidose en Amérique du Nord font défaut. This ECART DANS LES prévalences très provient des différences Probablement Dans les methods de culture apparente. récupération de E. dermatitidis à partir de cultures EXIGE des temps d’incubation also a longtemps que 4 semaines. En outré, non milieu sélectif, tel Que l’agar-érythritol chloramphénicol (ECA) can be Nécessaire for the recouvrement, en Particulier en présence d’Autres Espèces bactériennes et fongiques. Horr&# X000e9; et ses Collègues (138) have found la CEA d’être supérieur aux Autres Médias, y compris le glucose agar Sabouraud, versez la récupération de E. dermatitidis de 5 des 81 patients atteints de Mucoviscidose (6&# X00025;) Dont l’âge variait de 9 à 35 ans (moyenne, 22 ans). E. dermatitidis may Survivre pendentif PLUSIEURS VEVAK la DANS des conditions Chaudes ET Humides, et A eté decrit COMME AYANT particuliérement Forte prévalence Dans Les Établissements de sauna (198).

candidose species.

candidose Espèces, en Particulier candida albicans. Sont Souvent récupérés à partir de cultures D’expectorations de patients atteints de mucoviscidose. En effet, Bakare et ses Collègues (12) isolé C. albicans Specimens Provenant de 71 des 94 (75&# X00025;) patients des FC au cours Etudie Ontario D’une period de 6 mois. Dans Une etude prospective employant six Milieux différents de la culture, Valenza Et Ses collegues (315) récupérés C. albicans isolats de 47 sur 60 (78&# X00025;) les enfants et les adultes atteints de mucoviscidose Ontario Etudie au cours d’period juin de 12 mois. Cependant, being Donné la haute frequency with Laquelle C. albicans habite la peau et de l’oropharynx, la Relevanz D’isoler CETTE ESPECE Dans Les cultures D’expectorations des FC Pas de ne Sont claires. Autre candidose Espèces, y compris Candida glabrata. Candida parapsilosis. Candida dubliniensis. et Candida tropicalis. Sont beaucoup Moins fréquemment récupérés (27. 35. 192. 217. 234).

Espèces fongiques Diverses.

D’Autres Espèces fongiques Qui were signalés Comme Ayant Été Récupère à partir de FC de cultures comprennent Penicillium emersonii (49) Acrophialophora fusispora (51. 113). Les deux Espèces are des habitants du sol et en Ontario Rarement à l’Été Associée infection humaine. A. fusispora un recemment was being Rapporté Comme Récupère à partir de trois enfants et adulte non with CF en France (51). La Difficulté à identifier this species may entraîneur fils apparition sous-Estimée DANS LES FC

VIRUS

Le rôle des virus à verser contribuer l’exacerbation des Symptômes pulmonaires et la progression de la maladie pulmonaire chez CF a fait l’objet de Nombreuses études au cours des Trois Décennies (Dernières 1. 8. 69. 125. 132. 136. 228 . 240. 246. 286. 236. 340). La Plupart de bureaux études se Sont appuyés sur la détection virale Dans les samples Cliniques en Utilisant la culture norme sur les tissus, immunofluorescence, ous les essais sérologiques, et, sans surprise, La Plupart Ont TROUVE UNE Corrélation between présence de Respiratoires de virus positifs et l’aggravation des Symptômes. En général, les Respiratoires virus TYPIQUES were Identifie la DANS CES études, bien Qué Fréquences de their parents Varient considérablement SELON LES études, très Probablement en raison de différences Dans les methods de détection, L’âge des patients, et Les saisons. Le virus respiratoire syncytial de (VRS) a généralement le virus was Le plus Commun Identifie, Suivis par la grippe A et les virus B (328). virus Parainfluenza et l’adénovirus Ont généralement trouvés à Été des Fréquences, plus basses, et des études ainsi que les âges ne Pas INCLURE des essais Pour la détection des coronavirus ous métapneumovirus humain. Several études have Montré Que, bien that the frequency de l’infection, l’apparition saisonnière, et la répartition des virus impliqués ne pas différente significativement Entre les patients atteints de mucoviscidose et les Contrôles non-FC, les infections des patients atteints de mucoviscidose Souvent de plus les tombes et are have juin Durée, plus longue (132. 246. 340).

De plus recemment, les methods de détection à base de d’acide nucléique, y compris le virus Spécifique PCR et des analyses basées sur microréseaux, were UTILISE verser l’épidémiologie Étudier de l’infection respiratoire virale chez les patients des FC. Percez et ses Collègues (241) have used juin analyse multiplex de la transcriptase inverse de PCR capable de Détecter les virus grippaux A et B; parainfluenza 1, 2 et 3; RSV; et l’adénovirus verser sur 52 Echantillons enquêter D’expectorations de 38 Adultes atteints de Mucoviscidose Australiens Sie were hospitalisés Avec Des exacerbations des symptomes Respiratoires. Au total, 12 (23&# X00025;) des Échantillons ÉTAIENT POSITIFS PAR PCR: 4 Positifs Échantillons de ETAIENT verser le virus de la grippe B, 3 CHACUN Positifs de ETAIENT verser les virus parainfluenza et la grippe A, Positifs et 2 ETAIENT verser le VRS. Une study Menée par Olesen et ses Collègues (225) des tests de PCR UTILISE versez virus les memes, AINSI Que versez le rhinovirus humain et métapneumovirus humain Dans Une study prospective de 75 enfants danois (âge médian, 8 ans) Dont les samples d ‘ expectorations were testES par mois au cours d’12- juin period trois mois en 2002 et 2003. Un total de 96 de Échantillons Provenant de 45 patients were virus PCR positif, rhinovirus representative la grande majority des isolats de virus (87&# X00025;). virus Parainfluenza 6 représentait&# X00025; des Échantillons Positifs, le virus grippal A a Représenté 3&# X00025; des Échantillons Positifs, et l’adénovirus et le RSV représentaient each 2&# X00025; des tests de Positifs; Positifs Aucun échantillon n’à was PCR Pour le virus de la grippe B ou métapneumovirus. En revanche, Garcia et ses Collègues (104) Utilise les tests sérologiques versent Détecter l’infection par le métapneumovirus Dans 20 des 42 (48&# X00025;) les enfants âges de 7 à 18 ans avec juin maladie respiratoire aiguë étudiée de Manière Dans potentiels centre non de soins Texas CF Pendentif juin period 7 mois Dans l’hiver de 1998 et 1999.

Une Autre study prospective récente de Wat et ses Collègues (341) Ontario Evalue l’incidence des virus Respiratoires chez 71 enfants gallois (âge médian, 9 ans) avec FC Au Cours D’une period 17 VEVAK Entre 2002 et 2004. Les Ecouvillons nasaux were when les Sujets obtenus avaient juin exacerbation des Symptômes Respiratoires and / or when les Sujets ÉTAIENT au cours bimensuels asymptomatiques visites à la clinique. Les spécimens were EXAMINE versez la Présence de Respiratoires de virus, y compris la grippe A et B, les virus, le RSV, les types 1 à 4, le rhinovirus et le coronavirus en Utilisant l’amplification en temps réel sur la base de de la séquence d’acide nucléique du virus de la parainfluenza. Parmi les 138 Échantillons obtenus au cours des épisodes d’exacerbation respiratoire, 63 (46&# X00025;) Positifs de ETAIENT verser l’ONU des virus Inclus dans le panneau de test. En revanche, 23 des 136 (17&# X00025;) des spécimens Provenant de patients asymptomatiques were Positifs. Rhinovirus Était le virus le plus de commun Détecte verser les Deux Groupes, et beaucoup plus de virus de la grippe were détectés chez les enfants atteints d’exacerbations Qué Chez Ceux sans exacerbations.

L’observation faité par Drogues illicites études, plus anciennes Qué les infections Virales Respiratoires nes pas de plus de Sont Fréquente chez les personnes Atteintes de mucoviscidose Que chez les Témoins non-FC a de nouveau démontré recemment Dans Une étude des prospective Pays-Bas (327). Vingt jeunes enfants atteints de mucoviscidose (âge moyen, 3,5 ans) et 18 appariés Pour l’âge, la santé, les Sujets non-Témoins CF were Contactes DEUX FOIS par semaine Pendentif juin period d’hiver de 6 mois. Les Ecouvillons nasaux were when recueillies les enfants présentaient des Symptômes Respiratoires ous at least Toutes les 2 semaines et en Utilisant des sujets examinés essais de PCR verser Détecter rhinovirus, entérovirus, coronavirus, adénovirus, métapneumovirus, RSV et virus grippaux A et B. Aucune différence Entre les patients atteints de mucoviscidose et les Contrôles en Soit la Frequence de l’infection virale des Voies respiratoires OÜ de la répartition des virus impliqués were trouvés. Rhinovirus was Détecte Dans Tous les Sujets de l’study; coronavirus et entérovirus ÉTAIENT les virus les plus de Prochains Courants. détectés virus métapneumovirus et la grippe were trouvés Dans only et septembre trois enfants, respectively.

Bien Qu’il Semble clair Que l’épidémiologie de l’infection par le virus chez les le respiratoire personnes Atteintes de FK ne différe pas sensiblement de Celle de la population générale, L’impact sur les infections Qué CES have sur la progression de la maladie pulmonaire Dans zone de juin de mucoviscidose Reste la actif de l’Enquête. La preuve à la foie in vitro et in vivo, Modèles suggèrent FORTEMENT Que la synergie Entre les virus Et Les Bactéries Joue rôle de l’ONU Dans importants la promotion de la colonisation bactérienne de l’épithélium respiratoire et peut-etre in the diminution de la clairance bactérienne des Poumons (142. 240. 246. 286. 294. 329. 330. 340). Des études Récentes suggèrent also Que les Respiratoires virus interagissent with les cellules epitheliales des FC à potentialiser les Effets pro-inflammatoires de l’infection bactérienne, may-être en facilitant la dispersion des bactéries de biofilms Dans la lumière des Voies Aériennes (267).

Avertissements À EVALUER L’ÉVOLUTION DE L’Microbienne Épidémiologie DANS CF

La perception is réelle, same Quand il is pas La réalité .

&# X02014; Edward de Bono, le maltais médecin, éducateur et auteur.

Y at-il non spectre Expanding Microbial Espèces impliquées Dans l’infection Dans les FC?

De Nombreux Rapports publiés au cours des Deux Dernières Décennies have decrit Diverses Espèces microbiennes Comme Ayant &# X0201c; émerger&# X0201d; Que de Nouveaux agents Pathogènes Respiratoires chez les personnes Atteintes de mucoviscidose Il en resulte Que CERTAINES Espèces, Telles Que B. cepacia. S. maltophilia. et A. xylosoxidans. Devenus des have recemment agents Pathogènes Dans This population de patients. Cependant, les Mécanismes sous-jacents Ë CE PHENOMENE pas de N’a apparente Ete definition Clairement. Bien Qu’il Soit bien ÉTABLI Que les Espèces microbiennes PEUVENT juin capacity real property s’accumuler verser l’infection humaine provoquer (par exemple par l’acquisition de gènes Codant verser des Facteurs de virulence), des Preuves solides Que ACDE is Principalement responsable de l ‘ Émergence de &# X0201c; nouvelle&# X0201d; les agents Pathogènes Dans les FC font défaut. De plus généralement, l’émergence de Nouveaux Pathogènes DANS LES FC is attribuable à des Changements Dans la population hôte CF Qui were par des entraînés Changements Dans les soins et traitements OFFERTS aux personnes Atteintes de FK (203); Qui est, ALORS Que la POSSIBILITÉ EXISTE Que des modifications Dans Les Espèces microbiennes representent verser their capacity à émerger en Tant que Nouveaux agents Pathogènes Dans les FC, il is, plus certain Que les Changements Dans la Gestion des personnes Atteintes de la population FK have Modifié this de patients, Ce Qui could be Créer juin, plus grande, plus verser Opportunité à provoquer espèce Une infection Dans Celle-ci.

Le plus Parmi ces remarquables Changements was l’augmentation de l’espérance de vie des Personnes Atteintes de FK Au Cours des 20 Dernières Années. La médiane de survie Taux versez les with aux États-Unis CF Nees personnes PREDIT un AUGMENTE, passant d’environ 28 ans en 1990 à près de 40 ans aujourd’hui (Fig. &# X200B; (Fig.2). 2). Il is Prévu Que bientôt, environ la Moitié de Toutes Les personnes vivant Avec le CF sérums adultes âges de 18 ans OÜ plus. This growth de la population des adultes atteints de mucoviscidose Représente juin niche écologique Effectivement roman, Que l’sur Pourrait faire valoir offre Une occasion élargie verser la colonisation humaine ous D’une infection par des Espèces microbiennes généralement non Pathogènes. En outré, juin grande partie de la réussite Dans l’augmentation de l’espérance de vie Dans les FC was attribuée à la grande, plus availability et Une utilisation en plus agressive des Antibiotiques (164). Les thérapies Les de, Telles Que quinolone et des Antibiotiques inhale, are Devenus juin standard partie de soins des FC. De Il a also Ete Mouvement non Régulier Loin du traitemet des exacerbations Respiratoires épisodique Qui caractérisaient les soins CF Pendentif de ANNEES vers Nombreuses non treatment antibiotique suppressif chronique AINSI that the treatment agressif à l’précoce Destiné l’éradication de la colonisation des Voies respiratoires / l’infection Initiale. CÉS sans Doute stratégies have Place Plus fortes pressions Selectives sur les microbes Qui causent l’infection in the mucoviscidose, may l’émergence d’faciliter Espèces with des phénotypes de résistance à la polychimiothérapie.

Médian Prédit l’âge de survie verser les patients atteints de mucoviscidose Américains Nés DANS LES ANNEES indiquées. (Basons sur des Données tirées de la référence 72).

CES arguments expliquant l’émergence possible de nouvelles Espèces DANS LES FC nonobstant, il exists d’Autres factors Qui Ont Probablement contribué à la perception Que Le spectre D’agents infectieux DANS LES FC a Élargi recemment. Peut-être le Chef PARMI Ceux-ci Sont Les raffinements en Matière de taxonomiques Microbienne Qui se Sont Produits au cours des 20 Dernières Annees, including en CE Qui concerne les Espèces bactériennes. Cela gave lieu à de Nombreuses Révisions à la nomenclature des Espèces et la description de PLUSIEURS Nouveaux taxons. Céci is better illustré par la réaffectation de several Pseudomonas Espèces Au genres romains Burkholderia et Ralstonia au Debut des annees 1990 (Fig. &# X200B; (Figure 3). 3). Les bactéries identifiées Comme being B. cepacia Souches Ont salle eté trouvés être Les COMPOSE D’at least 17 Espèces distinctes Dans CE Qui est Maintenant Appelé B. cepacia complexe. Les bactéries Qui were Identifie Comme R. pickettii ous &# X0201c;R. pickettii -Comme&# X0201d; Ont ensuite was recognized Comme representative at least trois Espèces nouvelles, y compris R. mannitolilytica. R. insidiosa. et R. respiraculi. Une évaluation en plus poussée taxonomique un conduit de FINALEMENT à la reclassification of this Dernière espèce Comme Cupriavidus respiraculi. Etude du DÉTAILLÉE &# X0201c;B. cepacia -Comme&# X0201d; et &# X0201c;R. pickettii -Comme&# X0201d; bactéries, récupérés Principalement des Échantillons Respiratoires FC, Ont abouti à la Description du nouveau genre Pandoraea. Qui COMPREND Espèces ACTUELLEMENT de Cinq. AINSI, les bactéries Qui were identifiées Comme Appartenant à l’juin des Deux Espèces, P. cepacia et P. pickettii. il y a 20 sont maintenant ans représentés par au Moins 25 Espèces distinctes, ne pas la Plupart PEUVENT Être perçues Comme de nouvelles Espèces Qui Ont recemment &# X0201c; émerger&# X0201d; Que de Nouveaux agents Pathogènes DANS LES FC Le Développement et l’utilisation de METHODES améliorées Pour l’identification de bureaux Espèces contribuent choix à la perception de bureaux Qué Espèces are trouvées Avec Une frequency croissante Dans les cultures D’expectorations des FC.

modifications taxonomiques des Espèces CF-pertinentes. Les flèches pleines indiquent des Changements DANS LES NOMs de genre. flèches pointillées indiquent l’identification des Espèces nouvelles fondées sur juin évaluation taxonomique &# X0201c; atypique&# X0201d; Dans les isolats Espèces indiquées.

Outre le reclassement des Espèces to vary et le Développement de Procédés répandrai their identification précise, la capacity de Détecter non, plus grand éventail d’Espèces microbiennes Dans les samples Cliniques contribue Probablement also le Seņs Que le spectre des Espèces impliquées Dans l’infection des FC is en expansion pleine. des APPROCHES de independante Culture pour caractériser la population microbienne du tractus respiratoire CF, plus Qu’une de grande suggèrent d’Variété Espèces can be impliquée Dans l’infection FC Que précédemment apprecié (24. 128. 163. 254. 257). Comme les Espèces Sie jusqu’ici Ont Pas Ete Reconnus Comme des agents Pathogènes des FC TYPIQUES are détectés nominale CES methods, also Elles PEUVENT AINSI Être Percus Comme Ayant recemment only in the Devenu impliqué maladie du poumon CF. La détection de bactéries à l Appartenant ‘ Streptococcus milleri groupe Dans des Échantillons d’expectorations FC Point Illustre CE. CÉS Espèces exigeantes Souvent ne poussent pas sur les Médias norme de laboratoire, but were Identifie recemment en association AVEC des exacerbations pulmonaires aiguës chez les patients atteints de mucoviscidose en Utilisant juin combinaison de la culture indépendante et des Approches fondées sur la culture (282) . bureaux Si Résultats corroborés par Sont d’Autres Études, CES Espèces PEUVENT être Les ajoutés à la liste des agents Pathogènes Emergents Dans CF. De Il Restera toutefois difficile de savoir SI Espèces CES have des agents Pathogènes Vraiment Que recemment Devenus DANS LES FC ous Ont passé inaperçu Dans les FC en raison de difficultés Principalement Dans their récupération à partir de la culture et l’identification précise.

Avoir l’incidence et la Prévalence de l’infection par les Espèces Spécifiques Vraiment Changé?

Comme decrit Dans les sections Précédentes, l’analyse de l’informations disponible à partir de petites études Dans centre seul un, AINSI Que de grandes études multicentriques et les Registres nationaux de patients, suggested Que several Changements survenus are Dans l’incidence et la Prévalence de l’infection due A les bureaux des Espèces microbiennes Spécifiques Dans FC Dernieres Années. Une analyse récente du Registre des patients américains CFF, Qui includes ACTUELLEMENT, plus de 23.000 registered, un CONSTATE Que l’un Rapporté la Prévalence annuelle de l’infection due à P. aeruginosa Et Les Membres Du B. cepacia un complexe de diminué Manière significative Entre 1995 et 2005 (249). Les prévalences de S. aureus. H. influenzae. S. maltophilia. et A. xylosoxidans infection Ont Tous AUGMENTE au cours de this intervalle. Une analyse récente de la BASE DE DONNEES (Royaume-Uni) Royal Brompton Hospital CF, Qui comprenait 195 patients en 1985 et 391 patients en 2005, de same Montré juin augmentation significative du Taux de Prévalence de l’infection due à S. maltophilia et A. xylosoxidans Entre 1985 et 2005 (203). Comme aux Etats-Unis, la proportion des patients en Ontario d’être Rapporté par infecté B. cepacia complexes Souches Ont diminué Entre 1990 et 2005. Contrairement aux Données des Etats-Unis, cependant, Aucun changement significatif Dans la proportion de patients infectés par le P. aeruginosa ous S. aureus were trouvés au cours de this intervalle.

Les Raisons de CES Changements apparents Dans l’épidémiologie microbienne DANS LES FC ne are pas tout à fait clair. Encore une fois, il is tout à fait possible Que les Changements Dans les soins aux patients et la démographie Ont Joué rôle de l’ONU Dans la modification des Fréquences d’infection. L’utilisation de plus de en plus de des Antibiotiques agressive ciblant P. aeruginosa Dans les Deux suppressive chronique et stratégies d’éradication précoce may à contribuer juin Baisse de la Prévalence de l’infection due à this species (203. 249). L’âge médian croissant de patients atteints de mucoviscidose could be provide de Nouvelles Opportunités Pour l’infection par le S. maltophilia. A. xylosoxidans. MFO, et d’Autres Espèces, Telles Que décrites ci-dessus. Une Meilleure Adhésion aux Mesures de Contrôle des infections rigoureuses may Avoir entraine juin diminution de l’incidence des P. aeruginosa ET CERTAINES B. cepacia les complexes. Espèces

Toutefois, les Données tirées de Registres de patients ET des Bases de données Dans centre seul non doivent Être Interprêtes with prudence. Bien Que de tells Depots de Données fournissent juin ressource inestimable, il y a several Pièges Qui PEUVENT confondre interprétations des Données Qui y are (272). Pas le Moins-ci parmi Ceux is confondants Résultante de Données manquantes (à savoir les Variables Qui ne Sont pas initialement PREVOIR d’INCLURE in the register). Une illustration is fournie par le SARM, ne pas la Prévalence un Nettement AUGMENTE chez les patients des Etats-Unis des FC au cours de la Dernière Décennie. Néanmoins, le calcul de la signification statistique des variations des Taux de Prévalence de MRSA basons sur le Taux de 0,1&# X00025; au Registre des signalés patients CFF en 1995 is in the problématique mesure where non champion de Données versez le SARM n’à pas was Inclus dans le registre à this instant-là (110. 114).

Les employés Les versent de la Collecte et la communication des Données à INCLURE la DANS CES Registres Ontario Une Énorme incidence sur la qualité et l’interprétation des Données Qu’ils fournissent. Les Écarts Entre les Données communiquées au Registre des patients CFF et les Données recueillies programme non de surveillance par actif distincte à la same institution were décrites (68). En outré, les Registres Qui sont Limités à l’entrée de Données annual (entrée juin par e) manquent de la granularité de l’informations Dans les Registres Qui fournissent en temps réel ous l’entrée de Données basons sur la rencontre. Comme les Registres Evoluent verser en plus de permettre la saisie Possibilités d’écoulement des Données et Une Meilleure normalisation des Données d’entrée, Les Limites des Données ANTERIEURES doivent Être en Prises Compte when les tendances longitudinales are personnes évaluées.

Les différences historiques DANS LES methods utilisées Pour le Traitement et les Espèces echantillon identification contribuent also choix à la reliability relatifs des Donnees Incluses Dans Les Registres de patients. Recommandations et versez le respectent des de Traitement des via protocole Échantillons Respiratoires CF (par exemple l’utilisation de sélectifs de verser Milieux Burkholderia et, plus recemment, versez les staphylocoques) Ont considérablement varié au cours de la Dernière Décennie (281. 361). Les tAUX Eleves de mauvaise identification de CF-PLUSIEURS Espèces pertinentes Par les Systèmes d’identification microbienne DISPONIBLES DANS LE commerce were bien décrits (29. 66. 158. 201. 265. 280. 291. 292. 334). Dans CERTAINES enquêtes, par exemple, plus de 1 sur 10 isolats étaux aux laboratoires de référence initialement Identifie Comme B. cepacia ous complexe A. xylosoxidans isolats avaient mal was Identifie (201. 265). Les Données du registre des patients CFF indiquent Qu’en 1996, 1,9&# X00025; des patients atteints de mucoviscidose Américains ÉTAIENT infectés par A. xylosoxidans ; Cependant, this species was détectée par non laboratoire de référence 8.7&# X00025; de 595 patients atteints de mucoviscidose registered to a essai de 6 mois d’Antibiotiques à peu près au moment où same (35).

Le rôle Que misidentification des Espèces may Avoir des interprétations confusionnels des Taux d’infection Provenant de Registres de patients is encore illustrée par les tendances des recemment Rapporté rate of B. cepacia infection complexe. Les Données du registre des patients CFF indiquent Que l’incidence de la B. cepacia infection chez les patients complexe des FC AMERICAINS un diminué de considérablement, passant de 1,3&# X00025; à 0,8&# X00025; Entre 1995 et 2005 (249). L’analyse des isolats étaux à l’BcRLR (Université du Michigan) Indique qu’au cours de la period de 2000 à Allant 2008, juin moyenne de 41 patients par an (intervalle, 34 à 47 patients) have D’ABORD was Identifié à la responsabilité civile délictuelle Comme being par infectés B. cepacia isolats complexes Par les centres de soins États-Unis FC. Des essais de confirmation des isolats Effectivement le diminué Nombre de B. cepacia patients complexes infectés signalés au régistre des patients CFF Au Cours de Ces années. AINSI, sur may faire valoir that the availability des laboratoires de référence Spécialisés Dans la microbiologie CF a Amélioré la reliability DES DONNEES FOURNIES aux référentiels des patients et may des tentatives de viol CERTAINES tendances personnes observées DANS LES Taux d’infection versez les Espèces Spécifiques. Comme le Traitement des samples is normalisé et des Systèmes d’identification à Improving, en Particulier versez les agents Pathogènes HUMAINS rares, les bureaux tAUX auxquels je apporte Espèces are identifiées in the laboratory clinique seraient censes increase (à savoir à Moins que le Taux réel d ‘ infection a diminué). La comparaison des Taux d’infection Actuels aux Taux avant l’acceptation OBSERVE généralisée des protocoles recommandés versez le Traitement des samples et la availability des methods d’identification fiables is problématique en soi.

La frequency with les cultures de Laquelle surveillance are à partir des obtenues patients is Un autre facteur essentiel Qui est in the détermination des Taux d’infection, en Particulier versez les Espèces Telles Que S. maltophilia et A. xylosoxidans Que, transitoirement les Souvent infecter Voies respiratoires des personnes Atteintes de FK (82). Les Données du registre des patients CFF indiquent Que 4 only&# X00025; patients des Etats-Unis atteints de Mucoviscidose ETAIENT Positifs pour la Culture S. maltophilia en 1996 (72). temps de bureaux suspendus, les cultures D’expectorations surveillance ÉTAIENT généralement obtenues à partir de patients atteints de mucoviscidose Américains Sur une base annuelle. ous semestrielle Dans un grand essai clinique multicentrique antibiotique Menée Autour de temps de bureaux, Dans Lequel des cultures D’expectorations were obtenues à several des reprises au cours de 6 mois et Traités par non laboratoire de référence unique, 30&# X00025; des Sujets avaient at least juin culture D’expectorations positif verser S. maltophilia (35. 118). La Plupart des patients ÉTAIENT only par culture Intermittence positif; en effet, les patients Qui ÉTAIENT Positifs à la culture à tout point de temps de ÉTAIENT, plus sujets sensibles Qué nir Pas être Les la Culture Au point de négatif Prochain de temps. Bien bureaux de Qué Résultats auraient pu Être de by a la pression sélective de l’antibiotique à l’study, des études longitudinales Ontario Montré des Résultats similaires. Ballestero et ses Collègues (16), par exemple, a que de Montré 30&# X00025; des patients atteints de mucoviscidose were la culture des expectorations positif verser S. maltophilia at least Une Fois au cours d’period juin d’étude de 5 ans. Une study sur les UNITES des FC et pédiatriques adultes à Leeds, Royaume-Uni, une INDIQUE Que bien Que only 13 des 557 (2.3&# X00025;) patients were Definis Comme being juin infection chronique (culture positive sur at least trois Reprises sur juin period 6 mois) avec A. xylosoxidans au cours des Années 1992 à 1999, autre non 31 (5.5&# X00025;) patients were colonisé par intermittence (306). Une study monocentrique de la Belgique, where des samples de culture de crachat were obtenus à partir de Tous les patients Tous les 3 mois, un 17,9 Révélé de file&# X00025; de 140 patients Ont eu at least culture unique positif juin, but only 5.3&# X00025; des patients were chroniquement infectés nominale A. xylosoxidans. Ayant eu at least Trois cultures positifs pendant 9 mois au Moins (78). Une study de l’Italie un INDIQUE Que 22 (29,3&# X00025;) de 75 patients Ont eu at least juin culture positive au cours de la period comprennent Entre 2003 et 2007 (247). Les Taux d’infection with des Espèces de TMN are de la same fonction de la frequency de la culture. En fait, Levy et ses Collègues (177) have CONSTATE that the frequency de la culture des expectorations Était le facteur prédictif le plus les importantes Pour l’isolement de Souches NTM Chez les patients Dans Une vaste Enquête multicentrique.

OBSERVATIONS FINALES

Les Réalise du Malgré Progrès Dans la prise en charges des personnes Atteintes de Mucoviscidose Et Les augmentations impressionnantes de l’espérance de vie OBSERVEE au cours des 20 Dernières Annees, l’infection des Voies respiratoires Reste la principale cause de morbidité et de mortalité de la population verser this de patients. Une Meilleure compréhension de L’Épidémiologie Microbienne des FC Cense provide Serait de Nouvelles possibilités D’AMELIORER les Stratégies de Traitement et D’Affiner les Mesures de Contrôle des infections. Une définition plus de Précise des types d’Espèces microbiennes causant l’infection Dans les FC et l’analyse des tAUX AVEC CES Laquelle infections soi produisent SONT ESSENTIELS un système CES efforts.

Les Rapports de CAS et petite échelle Relativement, des études monocentriques Fourni juin grande partie des Données Descriptives Qui constituait notre Compréhension de l’épidémiologie CF microbienne DANS LES ANNEES 1980 et au Debut des annees 1990. LORs DEPUIS, several factors have contribué à l ‘ impression Qu’il ya eu des Changements marqués Dans this epidemiology au cours des dernieres Années. Le plus parmi importante Ceux-ci were les Autres critères en matière de taxonomie bactérienne, CF Traitement des Échantillons Respiratoires, et les Espèces identification des methods, Qui conduit have Tous à l’expansion de juin Marquee de l’Étendue des Espèces microbiennes Qui sont maintenant Reconnus Comme being impliqués Dans l’infection des Voies aériennes des FC. Dans Le même temps, cependant, les Changements DANS LES soins aux patients, en l’utilisation Particulier en plus agressive de l’antibiothérapie, la mise en œuvre des Mesures de lutte contre les infections, plus severes, et l’augmentation spectaculaire de l’espérance de vie Dans les FC, en Ontario Fourni juin justification verser l’expansion interprète this de &# X0201c; CF-pertinente&# X0201d; Espèces Comme involving, plus de détermination artefact.

L’évaluation des Changements Dans L’incidence et la Prévalence de l’infection due à des Espèces microbiennes Spécifiques Dans les FC, en Particulier Celles Qui se produisent Dans Une proportion de patients Relativement Faible, l’utilisation d’Nécessite juin grande étude multicentrique , Registres nationale de UO Internationaux. En effet, bureaux REGISTRES critiques Sont, fournissant Souvent la Seule occasion verser Alimenter des analyses statistiquement valables des Changements in the frequency de l’infection. En Tant que tel, les ILS fournissent Données d’Nécessaires d’observation versent EVALUER effet l’des nouvelles thérapies et des Mesures de lutte contre l’infection, d’identifier les Facteurs de risques d’infection, et de Générer des Hypothèses sur les tendances APPARENTES DANS LES Taux d’infection. Cependant, la conception et le functioning de CES Registres exigeant beaucoup de soins et de considération de factors prémonitoire Qui PEUVENT confondre les analyses futures. Also importants, les pieges inhérents à L’INTERPRETATION DES DONNEES Provenant de bureaux Registres doivent Être respectés par les Enquêteurs.

À l’avenir, Il Est Qué probable d’Autres Changements Dans les soins aux patients (par exemple, l’instauration de nouvelles thérapies et des Changements in the frequency des cultures de surveillance de routine) et l’improvement de la détection et l ‘des modifications entraîneront microbienne supplementaires Dans l’épidémiologie de l’infection microbienne d’identification des Voies respiratoires chez CF. L’utilisation de la culture des Indépendante Méthodes de détection microbienne en Particulier à Le Potentiel de provide Une vue sans précédent de l’écologie microbienne des Voies respiratoires CF. Les FUTURS efforts versez Mieux comprendre l’épidémiologie microbienne des FC perspective devront aller au-delà d’unidimensionnelle juin verser TENIR COMPTE de la Nature polymicrobienne des infections Respiratoires CF. Suivi des Fréquences parents with Laquelle Différentes combinaisons de microbes colonisent et infectent les Voies respiratoires des FC sera le prochain défi.

Remerciements

Ce travail was rendu possible par le Soutien Apporte par la Fondation de la fibrose kystique. Je suis très reconnaissant à Hebe Quinton et Bruce Marshall verser provide des Données et des analyses à partir du Registre des patients CFF. Je Remercié Linda Kalikin, Ted Spilker, et Judith vert verser Leur aide D’experts Dans la préparation du manuscrit. Je Reconnais la générosité des personnes Atteintes de mucoviscidose et their families et les soignants versez provide les Données Qui sont à la base de of this examen. Les excuses de Djé Presente à SES Collègues Dont le travail que je te suis incapable de Citer, Mais qui Ont Apporte des contributions Importantes à notre Compréhension de l’infection des Voies respiratoires chez CF.

J.J.L. RECOIT le Soutien financier de subvention de la Fondation de la fibrose kystique et le National Institutes of Health.

biographie

John J. LiPuma un receipt non diplôme de M.D. de University School of Medicine St. Louis. Il a la formation de Complété en résidence pédiatrie, Puis juin bourse Dans les Maladies Infectieuses pédiatriques A l’Université du Michigan Health System, avant de la faculté du Rejoindre Medical College of Pennsylvania (ACTUELLEMENT Drexel University College of Medicine). Il is ACTUELLEMENT professeur de pédiatrie à l’Université du Michigan école et professeur d’épidémiologie à l’Université du Michigan Medical School of Public Health. Il dirige le CFF Burkholderia cepacia Laboratoire de recherche et de dépôt à l’Université du Michigan. Dr. LiPuma un Etudie l’épidémiologie, l’histoire naturelle et la pathogenèse de l’infection des Voies respiratoires chez les personnes Atteintes de fibrose kystique DEPUIS 25 ans.

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