PlantGDB – Ressources pour l’usine …

Bienvenue à plantgdb.org! Outils et Ressources pour la génomique végétale

PlantGDB fournit séquence d’Espèces analysées de GenBank et UniProt, AINSI Que Personnalisés ensembles EST / ESG, verser le Téléchargement de lot ous de recherche.

  1. Pour télécharger brute SEQUENCE, aller à la séquence-gt; Télécharger-gt; Public usine de séquence. et tapez le nom de l’espèce.
  2. Pour télécharger des ensembles, aller à la séquence-gt; Télécharger-gt; Assemblées OÜ -gt EST; ESG. assemblées et sur les click Espèces d’interest.
  3. (You can also UTILISER le serveur FTP: Allez à la séquence-gt; serveur FTP gt; Télécharger -gt; FASTA_NNN (GenBank / UniProt where NNN version is juin en cours) ous -gt; PUT (assemblages HNE).)
  4. Verser éffectuer juin recherche sur ID mot-clé, aller à la séquence-gt; Recherche-gt; ID ous mot-clé de recherche. et non Entrez mot clé d’identification Dans la zone de recherche.

Verser D’informations, plus, voir Recherche overview pages.

Aller à la séquence-gt; HNE. assemblées et sur click 'Voir nos les Assemblées Actuelles' versez voir tableau non des ensembles ACTUELLEMENT DISPONIBLES. You can Alors cliquer sur non nom d’organisme verser Accéder à la page de juin Téléchargement de Tous les Fichiers de séquence Liée assemblage.

L’outil BLAST Përmet des requêtes de beaucoup contre les Espèces Végétales, les Groupes taxonomiques et des ensembles de Données SPECIALES:

  1. Allez-Dans Outils gt; souffle
  2. Pour interroger groupe non taxonomique OU AUTRE ensemble de Données, Selectionnez preset non (par exemple "Tous les Graminées"; "BACs de maïs")
  3. Pour interroger juin species, commencez à taper le genre / espèce désirée in the "Nom de l’espèce" boîte et cliquez pour selectionner les Espèces correctes.
  4. You can combinateur non Nombre d’Espèces et quelconque des Groupes Dans Votre Requête BLAST.
  5. Puis coller JUSQU’A 100 FASTA Séquences formatées ou Les ID de séquence Dans la fenêtre de Requête, Selectionnez non Algorithme et Paramétrage, PUI click sur 'Executer'.
  1. Inscrivez vous Pour un compte à partir d’ONU Navigateur Génome page d’accueil (exemple: AtGDB) -voir supérieur gauche.
  2. Entrez l’ID d’ONU gène Que vous souhaitez annoter Dans la fenêtre de recherche (exemple: At1g01010.1). Puis clique 'Recherche: Génome'. Le Résultat is a vue du Contexte du génome of this gène.
  3. Ouvrir l’outil de yrGATE en Cliquant 'Annoter This région!'. yrGATE affiche des modeles de gènes et les alignements des Preuves AINSI Que des outils for the construction d’Une nouvelle annotation.
  4. Construire un modèle de gène en Cliquant-sur exons ou Les coordonnées d’exon. Le nouveau modèle de gène is Affiché en vert Comme "Votre Structure"Et la séquence Résultante is affichée in the fenêtre de l’ARNm.
  5. Validez Votre modèle de genes en Utilisant des outils de portail web (ORF Finder, BLAST).
  6. Entrez description et identifiant unique de l’ONU POUR VOTRE annotation et sur click 'Soumettre' ous 'sauvegarder' versez le montage ultérieur.
  7. PlantGDB vous enverra non courriel when your annotation is approved ous rejetée. Une Fois approved, l’annotation et ses éléments de preuve PEUVENT Être consultés Dans un Genome Browser et is available Pour l’affichage à distance par DAS.

Pour plus de détails de, CONSULTEZ les didacticiels et des démos vidéo sur nos pages d’aide et de tutoriels.

Les navigateurs du génome de PlantGDB fournissent des liens vers l’outil GEVO verser de visualisation génome colinéarité, partie du site du génome COGE. Pour plus de détails de, voir Genome Browser Aide.

transcriptions PlantGDB assemblées uniques (PUT) et des assemblages Enquête Genome Sequence (ESG).

PUT Assemblées

Nombre des Espèces assemblées: 274.

Les ensembles PUT Les plus Récentes are the English version 187a [Voir la liste]; [Voir par exemple]

Transcriptions uniques PlantGDB-Assembler (PUT) are ASSEMBLEES de Personnalisés de transcription mis à votre disposition verser toutes ses les Espèces de plantes gt with; 10.000 Enregistrements de séquence. Séquences PUT are annotés with frappe UniProt BLAST et annotations GO correspondant (voir la page de recherche), et ILS PEUVENT Demandées en Utilisant le serveur BLAST de PlantGDB. ensembles ous Nouveaux rafraîchis PUT are each CRIS après mise à jour de la version (ACTUELLEMENT Tous les 4 mois). Toutes les Données d’assemblage is available for Téléchargement via notre portail de Téléchargement. Pour des statistiques détaillées sur each ensemble, reportez-vous à la page de progression de l’ensemble de PUT.

ESG assemblées

Enquête sur la séquence du génome (ESG) assemblées Pour le maïs et le sorgho.

Outils

Service Un en ligne versez la création et la personnalisation des flux de travail de bioinformatique

Service Un NCBI-BLAST with. les Bases de données des Plantes D’Espèces-ANALYSER et les CAPACITES de la requete beaucoup nominale

Système Annotation distribué (DAS) Permet aux navigateurs de génome Distants d’annotations Accéder PlantGDB

Un outil versez la conception des amorces de PCR Pour l’analyse de maïs insertions de transposons Ds.

Un verser outil Générer des modeles de gènes basée sur la transcription – épissé génome alignement

Un outil versez des modeles de Générer gènes basée sur la transcription de la protéine ous: épissé génome alignement

Un programme Qui compile la sortie de BLAST et le filtre en fonction de frappe Autres critères Definis par l’Utilisateur

Un outil Pour l’interrogation de Courtes séquences (fragments par exemple PCR) versez génome homologie

Interrogez Votre séquence contre des Séquences de sonde de microréseaux

Rechercher la BASE DE DONNEES de séquence de l’usine de PlantGDB Avec Une Interface graphique facile à UTILISER.

Un outil d’annotation et de visualisation verser les éléments d’identification transposables Dans la séquence génomique

Éffectuer des promenades chromosomiques basons sur juin sequence de Requête, en Utilisant des Séquences de traces de Trace Archive de NCBI.

Un outil for the community annotation de la séquence génomique, Utilisée conjointement with les navigateurs du génome xGDB

Communauté Annotation

MODELES de la structure génétique PEUVENT Souvent Être améliorées et développées en tenant Compte EST et l’alignement sur la base de des Données probantes ADNc. CE Processus de nominal de PlantGDB le biais Communauté annotation. à l’aide simple, à des outils UTILISER en ligne. L’image de ci-dessous montre commentaire Les Alignements de Preuves (rouge, bleu clair) PEUVENT Être UTILISE verser Mettre à jour les modeles existants de genes (bleu foncé) avec un nouveau modèle de gène (vert) [Aperçu]; [Aide et Tutoriel].

Une Fois Publiée, la structure de des gènes annotations PEUVENT Être visualisées en Utilisant le Navigateur de génome de PlantGDB ous à la distance Sur un Navigateur Qui Supporte le génome Distributed service Annotation (DAS) écran [Aperçu]

jeux de données spéciales

ACDS transposon marquage du maïs

Alternative Splicing Dans Les plantes

Gene Expression Database

SEQUENCES ESG RescueMu-Marqués are Generes par le maïs projet Discovery Gene. Les Séquences correspondant à l’ESG contigs were annotée

Une base de Données de des gènes d’épissage Liés

MuTAIL de l’are générées par transposon UniformMu. Les Séquences correspondant à l’ESG contigs were annotée et versez le is available Téléchargement

Outreach

Nouveau & remarquable

Ce Qui Vient après PlantGDB? (1 Juillet, 2015) Le financement NSF de PlantGDB a pris fin et le is site ainsi mis à jour. Toutefois, vous can consulter non du projet connexe Brendel Lab, xGDBvm. non environnement virtuel Pour l’annotation du génome Dans le nuage. instances xGDBvm sont maintenant DISPONIBLES versez les de Atmosphere iPlant de Utilisateurs (14/03/2012)
Nouvel emplacement verser PlantGDB (23 Juillet 2012) Les groupe Brendel is Maintenant à l’Université de l’Indiana. et le serveur PlangGDB was also Migré bien, et il is Maintenant Hébergé à l’École de l’informatique et de l’informatique de l’Université de l’Indiana. Nous prévoyons NE PAS DE perturbation du service Mais si vous rencontrez des Problèmes Avec le site, Nous vous encourageons à Nous contacter via notre formulaire de rétroaction. (3-14-2012)
BrGDB – Brassica rapa basons sur le Navigateur chromosome du génome (mars 16) STGDB – Solanum tuberosum nouveau Navigateur du génome (16 mars 2012) STGDB. base de nouvelle juin de Données du génome de la pomme de terre (Solanum tuberosum ) Est Maintenant disponible à PlantGDB (Genomes→Autre→STGDB). Basons sur le JGI projet de génome. VcGDB COMPREND 14,971 loci Codant verser des Protéines ET 15,285 transcrits Codant verser des Protéines-sur 413 échafauds. Autres Données affichées comprennent des ADNc d’épissage-Alignés, EST et PUT, et les Protéines d’Espèces Liées épissage-Alignés. (3-14-2012)
BrGDB – Brassica rapa Navigateur génome basons chromosome (16 mars 2012) BrGDB. Le Navigateur du génome versez le colza (Brassica rapa ) Est Maintenant mis à jour à PlantGDB (Genomes→Autre→BrGDB). Basons sur le projet BRAD génome. BrGDB COMPREND 41,019 transcrits Codant verser des Protéines-sur 10 chromosomes, plus échafauds unanchored (concaténée with 200 N écartement "chr11"). Autres Données affichées comprennent des ADNc d’épissage-Alignés, EST et PUT, et les Protéines d’Espèces Liées épissage-Alignés. (3-16-2012)
VcGDB – Volvox carteri nouveau Navigateur du génome (14 mars 2012) VcGDB. base de nouvelle juin de Données du génome versez l’algue verte Volvox multicellulaire (Volvox carteri ) Est Maintenant disponible à PlantGDB (Genomes→Autre→VcGDB). Basons sur le JGI projet de génome. VcGDB COMPREND 14,971 loci Codant verser des Protéines ET 15,285 transcrits Codant verser des Protéines-sur 413 échafauds. Autres Données affichées comprennent des ADNc d’épissage-Alignés, EST et PUT, et les Protéines d’Espèces Liées épissage-Alignés. (3-14-2012)
Medicago génome mis à jour (27 février 2012) Le Medicago truncatula (Canon medic) Navigateur génome MtGDB was mis à jour verser la nouvelle Version de montage / annotation 3.5 en Utilisant les Données déposées à phytozome. Nouvelle transcription / épissage et protéine Alignements les estimations de la qualité des gènes were calculés AINSI. génome du riz mis à jour (27 février 2012) Le Oryza sativa (Riz) Navigateur génome OsGDB was mis à jour verser la nouvelle Version de montage / annotation 7 en Utilisant les Données déposées à phytozome. Nouvelle transcription / épissage et protéine Alignements les estimations de la qualité des gènes were calculés AINSI. Manioc génome mis à jour (27 février 2012) Le Manihot esculenta (Manioc) Navigateur génome MeGDB was mis à jour Pour l’ensemble de l’annotation v4 / v4.1 Qui est disponible à phytozome. Nouvelle transcription / épissage et protéine Alignements les estimations de la qualité des gènes were calculés AINSI. annotation Populus mise à jour (27 février 2012) Le trichocarpa Populus (Peuplier) Navigateur génome PtGDB was mis à jour vers la version 2.2 d’annotation en Utilisant les Données déposées à phytozome. ensemble du génome et Alignements épissage are inchangés. Mimulus annotation mise à jour (27 février 2012) Le Mimulus guttatus Navigateur génome MgGDB was mis à jour vers la version 4.3 d’annotation en Utilisant les Données déposées à phytozome. ensemble du génome et Alignements épissage are inchangés. Chlamydomonas annotation mise à jour (27 février 2012) Le Chlamydomonas reinhardtii Navigateur génome CrGDB was mis à jour vers la version 4.3 d’annotation en Utilisant les Données déposées à phytozome. ensemble du génome et Alignements épissage are inchangés. Brachopodium annotation mise à jour (13 février 2012) Le Brachypodium distachyon Navigateur génome BdGDB was mis à jour à la Version d’annotation Bradi1.2 en Utilisant les Données déposées à phytozome. ensemble du génome et Alignements épissage are inchangés. PlantGDB NSF Grant (31 janvier 2012)

Le site de PlantGDB is ACTUELLEMENT Géré sous nouveau non NSF Genome Research Grant, IOS-1126267 (IPGA :. Caractérisation, modélisation, prévision et visualisation du transcriptome des plantes) En savoir plus sur IPGA. PlantGDB au maïs Génétique Conf. (31 janvier 2012) PlantGDB sérums represented à la 54e Conférence génétique du maïs annuel, Mars 15-18, 2012, à Portland, Oregon. CONSULTEZ l’affiche P56 "Découverte, annotation et d’analyse de l’expression de l’arginine / sérine (SR) des Protéines Dans le maïs en Utilisant la BASE DE DONNEES du génome des plantes PlantGDB". (1-28-2012) GenBank sortie 187 (31 Jan) GenBank sortie 187,0 Données de séquence (date de clôture du 15/12/2011) were traitées et versez le is available Téléchargement une PlantGDB. Vingt-trois nouvelles ous mises à jour des ensembles de transcription were CRIS. S’il vous plaît Noter Que l’indexation des nouvelles Données de séquence was reportée en raison de Problèmes d’infrastructure. (2-27-2012) Nouveau Ajouter Une piste fonction Genome Browsers 15 déc 2011 Les Utilisateurs PEUVENT Ajouter their Propres caracteristiques DU Génome (transcrits Alignés, les Modèles de genes, etc.) en Utilisant notre outil Utilisateur Ajouter piste. Tout ce qui is Nécessaire is a Initiation gff3 correctement formiate. This is ACTUELLEMENT Fonctionnalité disponible à ZmGDB et AtGDB / et sérums bientôt disponible pour tous les GDB. (15/12/2011).

Les nouveautés à venir?

mises à jour du génome (1-31-2012) NOUS SOMMES DANS LE Processus de hiérarchisation des génomes au PlantGDB verser la mise à jour. En outré, les génomes des plantes nouvellement DISPONIBLES are priorisés verser l’inclusion Dans le génome de la suite du Navigateur de PlantGDB. Notre Objectif Est de MAINTENIR les Données Actuelles Pendentif au MoiNs 25 génomes.

RELATED POSTS

Laisser un commentaire